Protochordata dan Euchordata adalah dua kelompok besar Filum Chordata; oleh karena itu, sebelum mempelajari perbedaan antara Protochordata dan Euchordata, mari kita bahas secara singkat tentang Chordata. Chordata adalah kelompok organisme yang paling maju dan mungkin paling terkenal di seluruh Kerajaan hewan termasuk manusia. Mereka adalah eucoelomate bilateral, deuterostomial. Fitur karakteristik chordate yang paling mendasar termasuk adanya tali saraf berongga dorsal, notochord dan celah insang pharyngeal. Fitur-fitur ini hadir di semua chordate di setiap tahap kehidupan mereka. Fitur canggih lainnya yang membantu chordate untuk mendominasi Phyla lainnya adalah adanya endoskeleton yang hidup, respirasi yang efisien, sirkulasi yang efisien, dan sistem saraf terpusat. Ada tiga sub-filum utama yang ditemukan dalam Filum Chordata, yaitu; Urochordata, Cephalochordata dan Vertebrata. Dari ketiga ini, dua Subphyla pertama secara kolektif disebut Protochordata, yang mencakup chordata rendah / primitif. Vertebrata diklasifikasikan sebagai euchordate yang termasuk chordate lebih tinggi.
Protochordate terdiri dari organisme yang dikategorikan dalam Subphyla Urochordata dan Cephalochordata. Protochordate adalah juga disebut Acraniata, karena kekurangan kepala dan tengkorak. Organisme ini sangat laut dan memiliki tubuh berukuran kecil.
Euchordate adalah chordate yang lebih tinggi yang termasuk hewan Subphyla Vertebrata. Tidak seperti protochordate, euchordate memiliki kepala dan tengkorak yang menonjol disebut Craniata. Subphyla Vertebrata dibagi menjadi dua kelompok; (Sebuah) Agnatha, yang termasuk hewan yang tidak memiliki rahang sejati dan pelengkap berpasangan dan (b) Gnathostomata, yang meliputi vertebrata dengan rahang sejati dan pelengkap berpasangan.
• Protochordate juga disebut Acraniata karena kurangnya kepala dan tempurung kepala. Euchordate disebut Craniata karena keberadaan kepala dan tengkorak.
• Protochordate secara khusus laut dengan benda-benda kecil, sedangkan euchordate ditemukan di habitat perairan dan darat dan memiliki tubuh berukuran besar.
• Euchordate memiliki kepala dan rangka luar yang berkembang baik dengan 2 pasang pelengkap. Namun, protochordate tidak memiliki embel-embel dan rangka luar.
• Protochordate memiliki coelom enterocoelic, sedangkan euchordate memiliki coelom schizocoelic.
• Protochordate tidak memiliki kolom vertebra, tidak seperti euchordate.
• Tidak seperti dalam protochordate, notochord ditutup atau diganti dengan kolom vertebral dalam euchordate.
• Protochordate memiliki faring dengan celah insang permanen. Celah insang faring bertahan atau menghilang.
• Protochordate memiliki hati yang lebih kecil, tetapi ekarodat memiliki hati dengan bilik (2 hingga 4 bilik).
• Pada protochordate, ginjal mengandung protonephridia, sedangkan pada euchordate, ginjal mengandung meso atau metanephridia.
• Reproduksi protochordate bersifat seksual atau aseksual, sedangkan reproduksi euchordate selalu bersifat seksual.
• Gonoduk biasanya tidak ada dalam protochordate, sedangkan mereka selalu hadir dalam euchordate.
• Pada euchordate, perkembangannya tidak langsung atau langsung, dengan atau tanpa tahap larva sedangkan, dalam protochordates, perkembangannya tidak langsung dengan tahap larva berenang bebas.
Gambar: