Perbedaan Antara SYBR Green dan Taqman

Perbedaan Utama - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau menonton proses amplifikasi PCR real-time. SYBR Green adalah metode berbasis interkalasi pewarnaan asam nukleat sementara Taqman adalah metode berdasarkan penyelidikan hidrolisis. Kedua teknologi dirancang untuk menghasilkan fluoresensi selama PCR, yang memungkinkan mesin PCR real-time untuk memantau reaksi dalam "waktu nyata". Metode SYBR Green dilakukan dengan menggunakan pewarna fluorescent yang disebut SYBR green dan mendeteksi amplifikasi dengan mengikat pewarna tersebut untuk menghasilkan DNA beruntai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel ganda dan mendeteksi amplifikasi dengan degradasi probe oleh Taq polimerase dan melepaskan fluorofor. Ini adalah perbedaan utama antara SYBR Green dan Taqman.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu SYBR Green
3. Apa itu Taqman?
4. Perbandingan Berdampingan - SYBR Green vs Taqman
5. Ringkasan

Apa itu SYBR Green??

SYBR Green adalah pewarna fluorescent yang digunakan untuk menodai asam nukleat, terutama DNA untai ganda dalam Biologi Molekuler. Metode SYBR Green digunakan untuk mengukur produk PCR selama PCR waktu-nyata. Setelah berikatan dengan DNA, kompleks pewarna DNA yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang intens. Ini terjadi karena perubahan struktural yang terjadi pada molekul pewarna pada pengikatan dengan DNA beruntai ganda. Ketika PCR menciptakan lebih banyak dan lebih banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna berikatan dengan DNA, menghasilkan lebih banyak fluoresensi. Oleh karena itu, fluoresensi meningkat dengan akumulasi produk PCR. Oleh karena itu, jumlah produk PCR dapat diukur secara kuantitatif dengan deteksi fluoresensi SYBR Green.

Pewarna hijau SYBR juga dapat digunakan untuk pelabelan DNA dalam sitometri dan mikroskop fluoresen. Ethidium bromide telah berhasil digantikan oleh SYBR Green karena Ethidium bromide adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pembuangan selama visualisasi DNA dalam elektroforesis gel.

Ada kelebihan dan kekurangan metode hijau SYBR. Metode ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Namun, karena kemampuannya untuk mengikat DNA beruntai ganda, pengikatan nonspesifik dapat menyebabkan kelebihan kuantifikasi produk PCR.

Gambar 01: Teknik Hijau SYBR

Apa itu Taqman??

Taqman adalah metode alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR real-time. Metode ini tergantung pada aktivitas exonuclease 5 '- 3' dari enzim Taq polimerase untuk menurunkan probe selama perpanjangan untai baru dan pelepasan fluorofor. Probe berlabel ganda digunakan dalam metode ini dan didasarkan pada hidrolisis probe. Probe dilabeli dengan fluoresensi DNA oligonukleotida yang memiliki molekul reporter fluoresen (fluorofor) di ujung 5 'dan molekul pendingin di ujung 3'. Mereka dirancang untuk mengikat pada templat tunggal yang terdampar di sisi berlawanan dari anil primer. Taq polimerase menambahkan nukleotida pada primer dan memperluas untaian baru ke arah probe berlabel ganda. Setelah Taq polimerase memenuhi probe, tindakan exonuclease dari Taq polimerase mengaktifkan dan menurunkan probe. Setelah menyelesaikan sintesis untai baru, probe mengalami degradasi total dan melepaskan fluorofor. Pelepasan fluorophore menghasilkan fluoresensi. Molekul Fluorescent Quencher secara efisien memadamkan cahaya yang dipancarkan dan menciptakan output untuk kuantifikasi produk PCR. Pelepasan fluorofor dan jumlah produk PCR bersifat proporsional. Oleh karena itu, kuantifikasi dapat dengan mudah dilakukan dengan metode Taqman.

Gambar 02: Metode Taqman

Metode Taqman digunakan dalam PCR waktu nyata, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, kuantifikasi penghapusan DNA kromosom, identifikasi bakteri, verifikasi analisis microarray, SNP genotyping dll.

Apa perbedaan antara SYBR green dan Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green didasarkan pada pewarna yang mengikat DNA.	Taqman bergantung pada probe hibridisasi dan aktivitas exonuclease 5 'sampai 3' dari Taq polimerase.
Probe berlabel Fluoresensi
Probe berlabel fluoresensi tidak diperlukan.	Diperlukan probe ganda berlabel.
Analisis Gen Multipleks
Itu tidak dapat digunakan untuk target gen multipleks.	Ini dapat digunakan untuk target gen multipleks.
Biaya
Ini lebih murah.	Ini lebih mahal.
Kekhususan
Ini kurang spesifik dan mengikat dengan DNA untai ganda	Ini sangat spesifik karena probe mendeteksi produk amplifikasi spesifik.
Efektivitas
Ini kurang efektif.	Ini sangat efektif.
Aplikasi
Ini digunakan dalam PCR waktu-nyata, visualisasi gel agarosa, pelabelan DNA dll.	Ini digunakan dalam PCR waktu nyata, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, dll.

Ringkasan - SYBR Green dan Taqman

Taqman dan SYBR green adalah dua metode yang digunakan dalam PCR waktu-nyata (PCR kuantitatif). Kedua metode memungkinkan kuantifikasi produk PCR secara efisien dan bergantung pada emisi fluoresensi. Metode Taqman menggunakan probe berlabel ganda untuk mendeteksi akumulasi DNA sementara metode SYBR Green menggunakan pewarna fluorescent. Kedua metode ini juga memiliki aplikasi berbeda dalam biologi molekuler.

Referensi:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour, dan Shaghayegh Haghjooy Javanmard. “Perbandingan metode SYBR Green dan TaqMan dalam analisis reaksi berantai polimerase waktu-nyata kuantitatif dari empat subtipe reseptor adenosin.” Penelitian Biomedis Lanjutan. Medknow Publikasi & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Maret 2017.
2. "Prinsip dasar PCR waktu-nyata." PCR Waktu Nyata, Kuantitatif (qPCR), Primer & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 Maret 2017.
3. "SYBR Green dan Pewarna PCR Real-Time Lainnya." Biocompare. N.p., 05 April 2010. Web. 14 Maret 2017

Gambar milik:
1. "PCR with SYBR green" Oleh -Ygonaar 23:09, 7 Maret 2006 (UTC) - Ini adalah grafik yang dibuat oleh Ygonaar dengan Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Oleh Pengguna: Braindamaged - Pekerjaan sendiri (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia