Perbedaan Antara shRNA dan siRNA

shRNA vs siRNA

Selama proses interferensi RNA (RNAi), ekspresi gen target dirobohkan dengan spesifisitas dan selektivitas tinggi. RNAi adalah proses alami, dan melibatkan RNA kecil (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) dan shRNA bi-fungsional. Saat ini, RNAi banyak digunakan sebagai alat untuk terapi kanker pribadi. Aplikasi RNAi pada dasarnya dilakukan dengan siRNA untai ganda yang disintesis secara kimia dan molekul-molekul shRNA berbasis vektor. Meskipun kedua molekul ini memiliki hasil fungsional yang serupa, mereka berbeda dalam strukturnya; dengan demikian, mekanisme aksi molekuler, jalur RNA, dan efek off-target kedua molekul ini juga berbeda.

shRNA

shRNA adalah urutan molekul RNA kecil yang membuat tikungan tajam yang dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen target selama RNAi. Ekspresi shRNA dicapai oleh vektor, yang dapat berupa virus atau bakteri atau dengan pengiriman plasmid. Mereka disintesis dalam inti sel dan diangkut ke sitoplasma untuk proses lebih lanjut. Molekul-molekul ini memiliki jalur maturasi miRNA yang serupa; dengan demikian sintesis miRNA telah memberikan dasar untuk memahami sintesis shRNA. RNA polimerase II atau III dapat mentranskripsi shRNA melalui promotor RNA polimerase II atau III. Keuntungan dari penggunaan shRNA adalah bahwa mereka memiliki tingkat degradasi dan pergantian yang relatif rendah. Kerugiannya adalah ia membutuhkan vektor ekspresi, yang dapat menyebabkan beberapa masalah keamanan.

siRNA

siRNA adalah molekul RNA untai ganda yang terdiri dari 20-25 pasangan basa. Ini digunakan untuk penekanan gen dengan membungkam gen apa pun dengan urutan nukleotida komplementer dalam jalur RNAi. Knockdown gen dengan transfeksi siRNA sering tidak berhasil karena efek sementara; terutama dalam sel yang membelah dengan cepat dan penindasan tidak berlangsung lama. Untuk mengatasi masalah ini, siRNA dimodifikasi dengan memperkenalkan struktur jepit rambut pendek. Molekul yang dimodifikasi ini kemudian dikenal sebagai shRNA. shRNA harus dikonversi ke siRNA oleh Pemain Dadu untuk melanjutkan fungsi normalnya.

Apa perbedaan antara shRNA dan siRNA?

• Berbeda dengan siRNA, shRNA memiliki struktur jepit rambut ekstra. shRNA adalah versi modifikasi siRNA.

• shRNA membutuhkan vektor ekspresi, sedangkan siRNA tidak.

• shRNA dapat digunakan untuk knockdown jangka panjang sementara siRNA hanya dapat digunakan untuk knockdown gen jangka pendek.

• Berbeda dengan penekanan gen siRNA, penindasan shRNA tahan lama, dan jika dimasukkan melalui vektor virus yang sesuai, ia dapat menghasilkan efek pembungkaman gen permanen..

• Pemain dadu diperlukan untuk mengubah kembali shRNA menjadi molekul siRNA untuk menjalankan fungsi normalnya.