Perbedaan Antara PCR RT dan QPCR

Perbedaan Utama - RT PCR vs QPCR
 

Reaksi Rantai Polimerase adalah teknik yang digunakan untuk memperkuat wilayah DNA tertentu in vitro. Karena penemuan teknik ini oleh Kary Mullis pada tahun 1983, para ilmuwan dapat membuat ribuan hingga jutaan salinan fragmen DNA spesifik untuk tujuan penelitian. Saat ini telah menjadi teknik yang umum dan dilakukan secara rutin di laboratorium klinis dan penelitian untuk beragam aplikasi. Ada variasi teknik PCR tradisional seperti RT PCR, PCR bersarang, PCR multipleks, Q PCR, RT - QPCR, dll. RT PCR dan Q PCR adalah dua variasi penting dari PCR. Perbedaan utama antara RT PCR dan Q PCR adalah itu RT PCR digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen melalui pembuatanDNA komplementer (cDNA) transkrip dari RNA sementara Q PCR digunakan untuk mengukur produk PCR secara real time menggunakan pewarna fluoresen.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu RT PCR
3. Apa itu QPCR
4. Perbandingan Berdampingan - RT PCR vs QPCR
5. Ringkasan

Apa itu PCR RT?

Reverse transcription polymerase chain reaction (RT PCR) adalah varian dari PCR yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi RNA. Ini adalah metode yang sangat penting untuk mendeteksi ekspresi mRNA dalam jaringan. RT PCR digunakan ketika bahan awal sampel adalah RNA. Dalam RT PCR, mRNA template pertama-tama diubah menjadi DNA komplementer. Langkah ini dikatalisis oleh enzim reverse transcriptase dan prosesnya dikenal sebagai transkripsi balik. Kedua, PCR tradisional digunakan untuk cDNA yang baru disintesis untuk amplifikasi.

RT PCR adalah teknik yang sangat sensitif yang membutuhkan sampel RNA dalam jumlah relatif kecil. RT PCR umumnya digunakan dalam diagnosis dan kuantifikasi spesies RNA, terutama virus RNA seperti virus human immunodeficiency virus dan virus hepatitis C.

Gambar 01: Teknik RT PCR

Apa itu QPCR?

PCR kuantitatif (QPCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mengukur produk PCR secara kuantitatif. Ini juga disebut sebagai reaksi rantai polimerase waktu nyata karena mengukur amplifikasi waktu nyata menggunakan mesin PCR waktu nyata. Ini adalah metode yang cocok untuk menentukan jumlah urutan target atau gen yang ada dalam sampel. Fitur menarik dari QPCR adalah bahwa ia menggabungkan amplifikasi dan kuantifikasi sejati menjadi satu langkah. Oleh karena itu, kebutuhan elektroforesis gel dalam deteksi dapat dihilangkan dengan teknik QPCR. QPCR menggunakan pewarna fluoresen untuk memberi label produk PCR selama reaksi PCR yang akhirnya mengarah pada kuantifikasi langsung. Ketika produk PCR terakumulasi, sinyal fluoresens juga terakumulasi dan akan diukur oleh mesin waktu nyata. QPCR dapat dikombinasikan dengan RT PCR. Ini dikenal sebagai RT - QPCR atau QRT - PCR dan dianggap sebagai metode yang paling kuat, sensitif dan kuantitatif untuk mendeteksi kadar RNA dalam sel atau jaringan..

SYBR Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau menonton proses amplifikasi PCR waktu nyata. Metode SYBR Green dilakukan menggunakan pewarna fluorescent yang disebut SYBR green dan mendeteksi amplifikasi dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA beruntai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel ganda dan mendeteksi amplifikasi dengan degradasi probe oleh Taq polimerase dan melepaskan fluorofor seperti yang ditunjukkan pada gambar 02. Kedua metode memantau kemajuan proses amplifikasi dan melaporkan jumlah produk secara real time.

PCR waktu nyata memiliki beragam aplikasi seperti kuantifikasi ekspresi gen, analisis RNA mikro dan nonkode, genotipe SNP, deteksi varian jumlah salinan, deteksi mutasi langka, deteksi organisme yang dimodifikasi secara genetika, deteksi agen infeksi, dll..

Gambar 02: Teknik PCR kuantitatif

Apa perbedaan antara PCR RT dan QPCR?

RT PCR vs QPCR
RT PCR adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen dengan amplifikasi.	QPCR adalah teknik yang memperkuat DNA dan mengukur produk PCR secara real time.
Keterlibatan Enzim Transkriptase Terbalik
Enzim reverse transcriptase digunakan untuk RT PCR.	Enzim reverse transcriptase tidak digunakan untuk QPCR.
Penggunaan Molekul Bertanda Fluoresensi
Pewarna atau probe berlabel fluoresensi tidak digunakan untuk RT PCR.	Pewarna atau probe berlabel fluoresensi digunakan untuk QPCR.
Kuantifikasi produk PCR
Kecuali jika digabungkan dengan QPCR, RT PCR tidak mengukur produk PCR.	QPCR mengukur secara kuantitatif produk PCR.
Bahan awal
Bahan awalnya adalah mRNA.	Bahan awal adalah DNA.
Sintesis cDNA
DNA komplementer dihasilkan selama RT PCR.	DNA komplementer tidak diproduksi selama QPCR.

Ringkasan - RT PCR vs QPCR

RT PCR dan QPCR adalah dua versi PCR tradisional. Teknik RT PCR dilakukan untuk sampel mRNA dan didorong oleh transkripsi balik dan produksi cDNA. QPCR digunakan untuk mengukur produk PCR selama siklus termal PCR waktu nyata menggunakan pewarna fluoresen atau probe berlabel. Dalam QPCR, jumlah produk PCR diwakili oleh sinyal fluoresen yang dipancarkan oleh sampel. RT PCR populer digunakan sebagai proses amplifikasi sedangkan QPCR umumnya digunakan sebagai proses kuantifikasi. Ini adalah perbedaan antara RT PCR dan QPCR.

Referensi:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo, dan GK Agrawal. "PCR Real-Time: Merevolusi Deteksi dan Analisis Ekspresi Gen." Genomik saat ini. Bentham Science Publishers Ltd., Juni 2007. Web. 03 April 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh, dan Jo Vandesompele. “Analisis ekspresi gen berdasarkan RT-qPCR langsung dan sensitif dari sampel FFPE.” Berita Alam. Grup Penerbitan Alam, 22 Februari 2016. Web. 03 April 2017
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon, dan C. Mathieu. "Penggunaan Real-Time Reverse Transcriptase PCR untuk Kuantifikasi Ekspresi Gen Sitokin." Jurnal Teknik Biomolekuler: JBT. Asosiasi Fasilitas Sumberdaya Biomolekuler, Maret 2003. Web. 03 April 2017

Gambar milik:
1. "Taqman" Oleh Pengguna: Braindamaged - Karya sendiri oleh pengunggah asli (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. “Reaksi rantai polimerase transkripsi terbalik” Oleh Jpark623 - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia