Perbedaan Antara Primer Acak dan Oligo dT

Itu perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT adalah itu primer acak adalah campuran dari semua sekuens heksamer oligonukleotida yang memungkinkan, sedangkan oligo dT primer terdiri dari rangkaian untai tunggal dari 12-18 deoksi timidin.

Transkripsi terbalik adalah mekanisme di mana cDNA dapat disintesis menggunakan mRNA atau spesies RNA apa pun. Untuk menghasilkan cDNA, enzim reverse transcriptase dan komponen lain yang diperlukan harus disediakan, terutama templat dan primer. Primer adalah sekuens DNA pendek yang dirancang khusus untuk amplifikasi sekuens target. Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang umum digunakan dalam transkripsi terbalik. Oleh karena itu, primer acak atau primer oligo dT adalah sekuens oligonukleotida DNA pendek yang diperlukan untuk reverse transcriptase untuk memulai transkripsi balik. Bergantung pada templat RNA, primer yang sesuai dapat dipilih dari kedua jenis primer ini.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa yang dimaksud dengan Primer Acak 
3. Apa itu Oligo dT
4. Kesamaan Antara Random Primers dan Oligo dT
5. Perbandingan Berdampingan - Primer Acak vs Oligo dT dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apakah Primer Acak itu??

Primer acak adalah campuran oligonukleotida yang mewakili semua sekuens heksamer yang mungkin. Urutan primer primer acak adalah 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T atau C. Oleh karena itu, primer acak dapat digunakan untuk amplifikasi DNA untai tunggal atau RNA oleh DNA polimerase atau reverse transcriptase, masing-masing. Selain itu, campuran primer acak mampu memperkuat semua wilayah RNA untuk menghasilkan cDNA. Dengan demikian, ia menghasilkan berbagai panjang cDNA.

Gambar 01: Primer Acak

Yang paling penting, campuran primer acak tidak menunjukkan spesifisitas templat. Tidak mampu membedakan mRNA dan spesies RNA lainnya. Dan, itu anil dengan spesies RNA dalam sampel. Namun, campuran primer acak cocok untuk transkripsi terbalik RNA tanpa poli (A) ekor, seperti rRNA, tRNA, RNA non-coding, RNA kecil, mRNA prokariotik dll., RNA terdegradasi, dan RNA dengan struktur sekunder yang dikenal.

Apa itu Oligo dT?

Oligo dT primer adalah bentangan 12 - 18 deoxythymine (dT). Urutan primer dapat direpresentasikan sebagai 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Ini digunakan untuk produksi cDNA dari mRNA yang mengandung poly (A) tail. Pada dasarnya, ia bertindak sebagai primer untuk reaksi yang dikatalisis oleh reverse transcriptase. Selama transkripsi terbalik, oligo dT primer anil dengan ekor poli adenilasi ditemukan pada ujung 3 'dari kebanyakan mRNA eukariotik dan memulai proses.

Gambar 02: Reverse Transcription Menggunakan Primer Oligo dT

Tidak seperti primer acak, oligo dT primer tidak cocok untuk RNA terdegradasi atau RNA yang tidak memiliki ekor poli (A), termasuk RNA prokariotik dan microRNA.

Apa Persamaan Antara Primer Acak dan Oligo dT?

• Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang digunakan dalam transkripsi terbalik dan membuat cDNA.
• Menggunakan primer acak dan primer oligo dT bersama-sama meningkatkan sensitivitas sintesis cDNA.
• Mereka adalah urutan nukleotida pendek untai tunggal.

Apa Perbedaan Antara Primer Acak dan Oligo dT?

Primer acak adalah urutan oligonukleotida pendek yang terdiri dari urutan acak. Sementara itu, oligo dT primer adalah untai pendek yang terdiri dari 12 hingga 18 deoksi timidin. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT. Urutan primer acak adalah 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T atau C. Sedangkan, urutan oligo dT primer adalah 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Oleh karena itu, kita dapat menganggap ini sebagai perbedaan lain antara primer acak dan oligo dT.

Selain itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas templat, dan mereka anil dengan spesies RNA mana pun, sedangkan primer oligo dT menunjukkan spesifisitas untuk poli (A) ekor mRNA eukariotik.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara primer acak dan oligo dT.

Ringkasan - Primer Acak vs Oligo dT

Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang digunakan dalam sintesis cDNA. Primer acak terdiri dari campuran oligonukleotida, mewakili semua sekuens heksamer yang mungkin, sementara oligo dT primer adalah sekuens untai tunggal dari 12 hingga 18 deoksi timidin. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT. Selain itu, primer oligo dT berguna untuk transkripsi mundur penuh RNA dengan ekor poli (A), sementara primer acak berguna untuk transkripsi terbalik sebagian besar spesies RNA, termasuk RNA terdegradasi, RNA yang tidak memiliki ekor poli (A) dan mengandung RNA struktur sekunder. Oleh karena itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas templat sedangkan primer oligo dT menunjukkan spesifisitas terhadap mRNA eukariotik yang mengandung ekor poli (A).

Referensi:

1. "Pengaturan Transkripsi Terbalik: Thermo Fisher Scientific - US." Pengaturan Transkripsi Terbalik | Thermo Fisher Scientific - AS, Tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Primers RevComp" Oleh Zephyris - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Commons Wikimedia
2. "RT PCR Model" Oleh Lokeshthimmana - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia