Perbedaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing
Share
Perbedaan Utama - Primer PCR vs Pengurutan Primer
Dengan perkembangan terbaru dalam bidang biologi molekuler, berbagai teknik genetika dikembangkan yang membuat proses investigasi jalan yang berbeda dari subjek menjadi mudah dan akurat. PCR dan prosedur pengurutan lainnya adalah dua teknik yang penting. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeda. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang umum untuk teknik PCR dan Sequencing. Primer PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA tertentu sementara sprimer penyetaraan digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud mengungkapkan urutan spesifik sekuens nukleotida. Ini adalah perbedaan utama antara primer PCR dan primer sekuensing.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu PCR Primer
3. Apa itu Sequencing Primer
4. Kesamaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing
5. Perbandingan Berdampingan - Primer PCR vs Primer Sequencing dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu PCR Primer?
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk memperkuat satu atau beberapa salinan dari segmen DNA tertentu dan untuk memperoleh jutaan salinan identik. Dalam reaksi PCR, komponen yang berbeda digunakan termasuk primer. Primer adalah untai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 membuatnya kompatibel dengan daerah awal dan ujung fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer dapat menjadi primer maju dan mundur primer. Primer ini berikatan dengan fragmen DNA pada titik-titik tertentu di mana ia membuat DNA polimerase berikatan dengan primer spesifik di lokasi dan memulai sintesis untai DNA baru.
Pemilihan primer adalah aspek penting dari proses PCR. Pemilihan panjang primer adalah penting. Panjang ideal adalah 18-25 nukleotida. Jika panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat urutan DNA yang akan diamplifikasi secara akurat. Primer yang panjangnya terlalu pendek menyebabkan anil primer yang tidak spesifik pada lokasi yang berbeda dari urutan DNA.
Gambar 01: Primer PCR
Kandungan Guanine dan Sitosin (GC) dalam primer yang baik harus dalam kisaran 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh adalah faktor penting selama PCR. Suhu leleh harus dihitung secara akurat, dan suhu anil primer harus 5 0C kurang dari suhu leleh. Suhu leleh harus 60 ° C dan 75 ° C. Suhu yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghasilkan aktivitas DNA polimerase yang kurang aktif.
Apa itu Sequencing Primer?
Sequencing primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil sekuensing yang baik, primer dan template berkualitas tinggi adalah penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. Itu juga harus dengan orientasi yang benar di mana urutan biasanya dihasilkan dari 3 'sampai 5' ujung primer. Urutan harus memiliki hibridisasi diri yang tidak diinginkan seperti pembentukan loop jepit rambut. Seharusnya tidak mengandung pembentukan basis Guanine berturut-turut.
Suhu leleh (Tm) primer harus sesuai dengan kondisi sekuensing. Karena itu, ia harus berada di antara 52HaiC dan 74HaiC. Pembuatan oligonukleotida yang akan digunakan sebagai bahan primer harus dimurnikan untuk mendapatkan urutan panjang yang diinginkan. Jika oligonukleotida mengandung pengotor, pensinyalan sekuens primer akan ditumpangkan dari situs priming yang berbeda, dan juga akan mengurangi jumlah sel basa.
Gambar 02: Sequencing Primers
Suhu leleh primer (Tm) oligonukleotida menentukan, seberapa kuat untai DNA komplementer yang disatukan dengan satu sama lain. Tm dapat dianggap sebagai perhitungan termodinamika di mana ia tergantung pada urutan DNA dan beberapa kondisi seperti konsentrasi garam. Tm penting selama PCR di mana varian yang disebut siklus sequencing digunakan untuk menghasilkan sekelompok fragmen yang diakhiri dideoxynucleotide. Di sini, primer yang diurutkan awalnya akan dianil secara alternatif, kemudian diperpanjang dan terakhir didenaturasi untuk amplifikasi. Oleh karena itu, nilai Tm harus berada di antara 52HaiC dan 74Hai C. Oligonukleotida yang disintesis dapat diperoleh dari laboratorium sintesis DNA / RNA sesuai pilihan. Skala kecil sintesis yang digunakan untuk sekuensing DNA biasanya 50 nmol. Juga yang paling penting primer yang digunakan untuk sekuensing harus dimurnikan agar bebas dari kotoran yang akan mencegah penurunan kualitas.
Apa Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing?
- Primer PCR dan Primer Sequencing adalah primer yang digunakan dalam proses amplifikasi dari sekuens DNA yang ditargetkan.
- Primer PCR dan Primer Sequencing terdiri dari nukleotida.
- Primer PCR dan Primer Sequencing adalah oligomer pendek.
Apa Perbedaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing?
Primer PCR vs Primer Sequencing | |
| Primer PCR adalah untai DNA pendek dengan panjang urutan nukleotida 18-25 membuatnya kompatibel dengan daerah awal dan ujung fragmen DNA yang akan diamplifikasi. | Sequencing primer adalah oligomer pendek yang digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya.. |
| Fungsi | |
| Primer PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA tertentu. | Sequencing primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. |
| Jumlah primer yang Dibutuhkan | |
| Dua primer; satu primer maju dan satu primer terbalik digunakan sebagai primer PCR. | Hanya perlu satu primer sebagai primer sekuensing. |
Ringkasan - Primer PCR vs Pengurutan Primer
Sequencing primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. Satu primer sequencing akan cukup untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil pengurutan yang baik, primer dan template berkualitas tinggi adalah penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. PCR Primer adalah untai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang kompatibel dengan daerah awal dan akhir dari fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer PCR dapat berupa primer maju dan primer terbalik. Kandungan Guanine dan Sitosin (GC) dalam primer yang baik harus dalam kisaran 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh adalah aspek penting selama PCR. Ini adalah perbedaan antara primer PCR dan primer Sequencing.
Referensi:
1. "Reaksi berantai Polymerase (PCR)." Akademi Khan. Tersedia disini
2. "Mengurutkan desain primer dan primer." Sequencing primer dan desain primer | Layanan DNA Inti Universitas | Universitas Calgary. Tersedia disini
Gambar milik:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Pekerjaan sendiri, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 metode pelabelan 'oleh Abizar (pengunggah asli) di Wikipedia bahasa Inggris - Ditransfer oleh Gustavocarra., (Domain Publik) via Commons Wikimedia
