Western blotting adalah metode yang memungkinkan deteksi dan kuantifikasi protein spesifik dari sampel protein. Keandalan teknik tergantung pada pemilihan membran yang tepat untuk penyerapan protein dari gel. Ada berbagai jenis membran mikropori. Membran Nitroselulosa dan PVDF adalah dua membran seperti yang disukai oleh para peneliti karena atribut khusus mereka dibandingkan jenis membran lainnya. Pemilihan antara nitroselulosa atau PVDF juga merupakan tantangan lain dalam western blotting. Baik nitroselulosa dan PVDF memiliki kapasitas penyerapan protein yang tinggi. Perbedaan utama antara membran nitroselulosa dan PVDF adalah membran nitroselulosa tidak memiliki kemampuan untuk menanggalkan antibodi dan menggunakan kembali membran untuk reprobing antibodi sedangkan membran PVDF memiliki kemampuan pengupasan dan penggunaan kembali.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Nitroselulosa
3. Apa itu PVDF
4. Perbandingan Berdampingan - Nitrocellulose vs PVDF
5. Ringkasan
Nitroselulosa adalah polimer yang diproduksi dengan mengolah selulosa dengan asam nitrat dan digunakan untuk membuat membran mikropori dalam biologi molekuler, terutama untuk teknik blot seperti blot selatan, utara dan barat. Ukuran pori membran nitroselulosa berkisar antara 3 hingga 20 μm. Membran mikro nitroselulosa memfasilitasi deteksi reaksi imunokimia yang terjadi pada permukaan membran. Oleh karena itu, membran nitroselulosa sering digunakan untuk imobilisasi protein dan deteksi protein spesifik pada western blotting. Membran nitroselulosa juga dapat melumpuhkan glikoprotein dan asam nukleat.
Membran nitroselulosa lebih disukai dalam pengujian aliran lateral karena beberapa fitur. Selaput nitroselulosa menyerap protein pada konsentrasi tinggi. Pelarut yang digunakan untuk membasahi membran tidak mengurangi penyerapan protein membran nitroselulosa. Membran nitroselulosa dapat dengan mudah dipotong sesuai ukuran gel yang diinginkan dan mentransfer protein dari gel ke membran dengan transfer listrik atau kapiler. Nitroselulosa memungkinkan aliran protein lebih cepat melalui membran dengan potensi pengikatan yang tinggi. Nitroselulosa menunjukkan kekuatan penanganan yang lebih baik. Atribut khusus lain dari membran nitroselulosa adalah bahwa ia dapat dengan mudah dilem dengan perekat tahan air non-pelarut ke berbagai lapisan plastik.
Gambar 01: membran Nitroselulosa untuk western blotting
Polyvinylidene difluoride (PVDF) adalah fluoropolymer yang diproduksi oleh polimerisasi vinilidene difluoride dan memiliki kemampuan imobilisasi protein yang tinggi. Oleh karena itu, membran berpori yang terbuat dari PVDF digunakan dalam teknik western blotting untuk menganalisis protein spesifik dari campuran protein. Membran PVDF juga dapat digunakan untuk analisis asam amino dan sekuensing protein. Karakteristik paling penting dari membran PVDF dibandingkan membran nitroselulosa adalah bahwa ia dapat dengan mudah dilepaskan dari antibodi dan digunakan kembali untuk pemeriksaan antibodi selanjutnya..
Membran PVDF lebih tebal dari pada membran nitroselulosa; karenanya, lebih tahan terhadap kerusakan selama digunakan kembali. Membran PVDF sangat hidrofobik. Karena itu, mereka harus direndam dalam metanol atau isopropanol sebelum digunakan.
Nitroselulosa vs PVDF | |
Nitroselulosa adalah polimer yang tersusun dari selulosa. | PVDF adalah fluoropolymer yang diproduksi oleh polimerisasi vinilidena difluorida. |
Ukuran Pori Membran | |
Ukuran pori tipikal adalah 0,1, 0,2 atau 0,45μ | Ukuran pori tipikal adalah 0,1, 0,2 atau 0,45μm |
Kapasitas Pengikatan Protein | |
Nitroselulosa memiliki kapasitas pengikatan protein 80 hingga 100 μg / cm2. | PVDF memiliki kapasitas pengikatan protein 170 hingga 200 μg / cm2. |
Kepekaan | |
Ini memiliki sensitivitas yang rendah dibandingkan dengan PVDF. | Ini memiliki sensitivitas tinggi. |
Deteksi Protein dengan Tingkat Rendah | |
Karena sensitivitasnya rendah pada membran nitroselulosa, maka tidak cocok untuk mendeteksi protein dengan ekspresi rendah. | Ini lebih cocok untuk mendeteksi protein dengan ekspresi rendah karena sensitivitasnya yang tinggi. |
Kebisingan latar belakang | |
Ini memiliki kebisingan latar belakang yang lebih rendah | Ini memiliki kebisingan latar belakang yang lebih tinggi. |
Interaksi dengan Protein | |
Molekul protein berikatan dengan membran nitroselulosa melalui interaksi hidrofobik. | Protein mengikat membran PVDF melalui interaksi hidrofobik dan dipol. |
Sifat Membran | |
Nitroselulosa rapuh dan rapuh. Namun, versi nitroselulosa tersedia, dan mereka tahan. | PVDF lebih tahan lama dan memiliki ketahanan kimia yang lebih tinggi. |
Kemampuan untuk Mengupas dan Menggunakan Kembali | |
Nitroselulosa mungkin mengalami kesulitan dalam stripping dan reprobing tanpa kehilangan sinyal. | PVDF sangat ideal untuk aplikasi reprobing dan sequencing. |
Kesesuaian | |
Nitroselulosa sangat ideal untuk mendeteksi protein dengan berat molekul rendah. | PVDF lebih cocok untuk mendeteksi protein dengan berat molekul lebih tinggi. |
Penggunaan lainnya | |
Nitroselulosa dapat digunakan untuk analisis asam nukleat dan dot / slot blotting. | PVDF dapat digunakan untuk sekuensing protein dan sistem uji fase padat. |
Biaya | |
Ini lebih murah daripada membran PVDF. | Ini lebih mahal daripada membran nitroselulosa. |
Perlu untuk Pra-pembasahan | |
Membran nitroselulosa tidak membutuhkan presoaking dengan metanol | Membran PVDF membutuhkan presoaking dengan metanol. |
Membran nitroselulosa adalah membran pertama yang digunakan secara komersial untuk pengujian aliran lateral. Mereka memiliki kapasitas tinggi untuk menyerap protein. Oleh karena itu, membran nitroselulosa digunakan dalam western blotting. PVDF adalah jenis membran lain yang digunakan dalam western blotting dan juga memiliki kapasitas penyerapan protein yang tinggi. Kedua jenis digunakan dalam western blotting untuk analisis protein. Namun, membran PVDF memiliki atribut lebih khusus, membuatnya lebih cocok daripada membran nitroselulosa untuk blotting barat. Namun, membran nitroselulosa lebih cocok untuk mendeteksi protein berbobot molekul rendah, membran PVDF lebih cocok untuk mendeteksi protein berbobot molekul tinggi. Ini adalah perbedaan antara membran nitroselulosa dan PVDF.
Gambar milik:
1. "Western blot transfer" Oleh Bensaccount di Wikipedia bahasa Inggris (CC BY 3.0) melalui Commons Wikimedia
Referensi:
1.Luque-Garcia, Jose L., Ge Zhou, Tung-Tien Sun, dan Thomas A. Neubert. "Penggunaan Nitroselulosa Membran untuk Karakterisasi Protein oleh Matrix-Assisted Laser Spectacular / Ionization Mass Spectrometry." Kimia Analisis. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., 15 Juli 2006. Web. 28 Mar 2017
2. "Penanda Molekul dan Bioteknologi Tumbuhan." Buku Google. N.p., n.d. Web. 28 Mar 2017
3. Senin, 8 April 2013 Tweet. "Keajaiban di Membran: Pilih dengan Bijak untuk Hasil Best Western Blot." Biocompare. N.p., 08 April 2013. Web. 28 Mar 2017