Perbedaan Antara Sequencing Shotgun Hierarkis dan Genom Utuh

Itu perbedaan utama antara sequencing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah itu dalam sekuensing senapan hirarkis, genom ini dipecah menjadi fragmen yang lebih besar sebelum disekuensing sementara, dalam keseluruhan sekuensing senapan shotgun, seluruh genom ini dipecah menjadi fragmen kecil untuk sekuensing.

Sequencing adalah teknik penting dalam proses molekuler, terutama dalam identifikasi spesies yang akurat. Bahkan, itu adalah teknik mengidentifikasi urutan nukleotida dalam gen atau genom. Ada banyak teknik untuk sequencing. Beberapa di antaranya termasuk Metode Maxam Gilbert, Metode Sanger dan metode Sanger otomatis.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Hierarchical Shotgun Sequencing
3. Apa itu Sequencing Genome Shotgun
4. Kesamaan Antara Sequencing Shotgun Hierarkis dan Genom Utuh
5. Perbandingan Berdampingan - Sekuensing Hierarchical vs Whole Genome Shotgun dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Hierarchical Shotgun Sequencing?

Sequencing Hierarchical Shotgun adalah salah satu metode sequencing. Ini juga disebut 'urutan atas-bawah'. Selanjutnya, metode ini terdiri dari dua langkah: langkah pertama adalah amplifikasi genom, dan langkah kedua adalah fragmentasi genom. Dalam metode ini, genom dicukur menjadi fragmen besar terlebih dahulu. Ini diikuti oleh kloning fragmen besar ini ke berbagai inang menggunakan vektor atau kromosom buatan. Kemudian, vektor rekombinan ini disusun menjadi perpustakaan. Selama pengurutan senapan, klon vektor rekombinan menjalani pengurutan secara individual. Fragmen dalam klon menjalani pencernaan restriksi untuk lebih mengurangi ukuran genom, sehingga menjalani sekuensing.

Gambar 01: Sequencing Shotgun Hierarkis

Selama pengurutan senapan hirarkis, potongan besar fragmen harus diatur secara berurutan, sebelum pengurutan senapan. Itu terjadi dengan bantuan penanda molekuler yang tergabung selama proses kloning.

Sekuensing senapan hirarkis menciptakan peta gen resolusi rendah. Tetapi itu menciptakan urutan urutan peta. Dengan demikian, dibutuhkan durasi yang lebih lama daripada sequencing langsung. Seluruh proses keterlambatan karena pembuatan perpustakaan vektor rekombinan. Apakah ini juga merupakan teknik padat karya. Namun, saat ini, teknik ini otomatis untuk memudahkan pekerjaan.

Apa itu Sequencing Genome Shotgun?

Sekuensing seluruh genome shotgun adalah proses sekuensing satu langkah. Dalam proses ini, seluruh pencukuran genom dilakukan terlebih dahulu. Setelah ini, masing-masing fragmen kecil ini menjalani pengurutan secara acak. Setelah menyelesaikan urutan, analisis urutan berlangsung. Selama analisis sekuens, sekuens yang tumpang tindih dihilangkan, dan analisisnya bukanlah proses yang diperintahkan. Oleh karena itu, perakitan sekuens adalah proses yang kurang efisien dibandingkan dengan sekuensing senapan hirarkis. Namun, proses sekuensing seluruh genom senapan lebih cepat, dan analisis seluruh genom dapat terjadi pada satu contoh.

Apa Persamaan Antara Sequencing Shotgun Hierarchical dan Whole Genome?

• Sekuensing senapan hierarki dan seluruh genom adalah dua pendekatan sekuensing.
• Keduanya menjalani pengurutan Sanger atau metode pengurutan Sanger otomatis.
• Mereka terlibat dalam sekuensing fragmen DNA dan RNA.
• Selain itu, kedua metode ini penting dalam diagnostik molekuler dan tujuan penelitian.
• Saat ini, kedua teknik tersebut bersifat otomatis atau berbasis komputer.
• Kedua teknik ini mengandalkan fragmentasi genom.

Apa Perbedaan Antara Urutan Shotgun Hierarkis dan Genom Utuh?

Sekuensing senapan hirarkis menghasilkan fragmen berukuran lebih besar dibandingkan dengan sekuensing senapan genome keseluruhan, yang bekerja dengan fragmen sekuens kecil. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara pengurutan senapan hirarki dan genome seluruh. Selain itu, pengurutan senapan hirarkis terdiri dari dua langkah utama, sedangkan pengurutan seluruh senapan genom bergantung pada satu langkah utama..

Lebih jauh, perbedaan lain antara pengurutan senapan hirarkis dan genom keseluruhan adalah bahwa resolusinya lebih tinggi pada pengurutan senapan keseluruhan genom dibandingkan dengan pengurutan senapan hirarkis..

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara sekuensing senapan senapan hierarkis dan seluruh genom.

Ringkasan - Sequencing Genier Shotgun Hierarchical vs Whole

Sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah dua teknik untuk mengurutkan genom besar. Urutan senapan hirarkis adalah proses dua langkah pengurutan di mana genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar. Sebaliknya, sekuensing seluruh genom adalah sekuensing satu langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen kecil dan langsung diurutkan. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara pengurutan shotgun hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, aspek teknis dapat bervariasi di antara kedua teknik tersebut.

Referensi:

1. Waterston, Robert H, dkk. "Di Urutan Genom Manusia." Prosiding Akademi Sains Nasional Amerika Serikat, Akademi Sains Nasional, 19 Maret 2002, Tersedia di sini.
2. Sobat, Shital. "Urutan Genom." LinkedIn SlideShare, 4 November 2014, Tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Sekuensing seluruh genom shotgun versus sekuensing senapan hirarkis" Oleh Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - "Metode Biologi Komputasi dan Penerapannya pada Genomik Komparatif Bakteri Simbiotik Simbiotik Endoseluler Serangga." Biol. Prosedur Online (2009). Diakses melalui SpringerImages (CC BY-SA 2.5) melalui Commons Wikimedia