Perbedaan Antara Exome dan RNA Sequencing

Perbedaan Kunci - Exome vs RNA Sequencing
 

Sequencing asam nukleat adalah teknik yang menentukan urutan nukleotida dalam fragmen DNA atau RNA tertentu dari suatu organisme. Sekuensing penting dalam mengidentifikasi susunan DNA dan RNA sel dan membedakan gen tertentu yang mengkode protein fungsional; dengan demikian, pengurutan dapat digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Metode Sanger Sequencing atau metode sequencing generasi selanjutnya yang lebih canggih adalah metode sequencing yang umum digunakan. Sekuensing exome adalah sekuensing set ekson lengkap atau pengkodean daerah DNA yang ada dalam suatu organisme sedangkan sekuensing RNA adalah prosedur sekuensing asam Ribonukleat (RNA). Ini adalah perbedaan utama antara urutan exome dan RNA.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Exome Sequencing
3. Apa itu RNA Sequencing
4. Kemiripan Antara Exome dan RNA Sequencing
5. Perbandingan Berdampingan - Exome vs RNA Sequencing dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Exome Sequencing?

Exome adalah subset dari genom yang terdiri dari gen pengkode dari suatu organisme tertentu. Gen pengkodean dinamai ekson dan ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam sekuens asam amino. Selama modifikasi pasca transkripsional, mekanisme penyambungan RNA pada eukariota menghilangkan intron (daerah bukan kode), dan ekson tetap ada. Ada dua teknik utama di mana exome sequencing dilakukan: berbasis solusi dan berbasis array.

Dalam sekuensing exome berbasis solusi, sampel DNA difragmentasi menggunakan enzim restriksi atau metode mekanik dan didenaturasi oleh panas. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida biotinylated (umpan) digunakan untuk hibridisasi secara selektif dengan daerah target dalam genom. Manik-manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah pengikatan. Binding diikuti oleh langkah pencucian di mana urutan yang tidak terikat dan tidak ditargetkan terhanyut. Target yang terikat kemudian diperkuat menggunakan Polymerase Chain reaction (PCR) dan kemudian diurutkan menggunakan Sanger sequencing atau teknik Next Generation Sequencing.

Gambar 01: Exome Sequencing

Metode berbasis array juga mirip dengan metode berbasis solusi, kecuali bahwa fragmen DNA ditangkap ke dalam array mikro, dan kemudian pengikatan dan langkah-langkah pencucian mengikuti sebelum diurutkan.

Sekuensing exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengidentifikasi penanda genetik baru, di pertanian untuk mengidentifikasi berbagai sifat agronomi yang bermanfaat dan dalam prosedur pemuliaan tanaman.

Apa itu RNA Sequencing?

Sequencing RNA didasarkan pada transkriptome, yang merupakan transkrip lengkap sel. Tujuan kunci dari sekuensing RNA adalah untuk membuat katalog semua spesies transkrip, termasuk mRNA, non-coding RNA, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkripsi gen dan untuk mengukur tingkat ekspresi setiap transkrip selama pengembangan. Selama sekuensing RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan pelengkap DNA yang berasal dari sekuens mRNA matang) pada awalnya digunakan untuk sekuensing. Saat ini, teknik through-put yang lebih akurat dan canggih digunakan untuk sekuensing RNA.

Gambar 02: RNA Sequencing

Dalam sekuensing RNA, sampel RNA yang dapat berupa RNA total atau RNA terfraksionasi diubah menjadi DNA komplementer (cDNA) menggunakan transkripsi balik, dan pustaka cDNA disiapkan. Setiap fragmen cDNA melekat pada adaptor di kedua sisi (sequencing ujung pasangan) atau di satu sisi (sequencing ujung tunggal). Urutan tag ini diurutkan menggunakan Sanger sequencing atau generasi berikutnya, seperti exome sequencing.

Apa Persamaan Antara Urutan Exome dan RNA?

• Fragmen terpilih pendek atau seluruh rangkaian DNA / RNA dapat digunakan untuk sekuensing Exome atau RNA.
• Fragmen berurutan disimpan di perpustakaan.
• Sanger sequencing atau Next Generation sequencing dapat digunakan.
• Keduanya merupakan metode pengurutan in vitro.
• Fragmen berurutan dapat ditentukan oleh tag fluorescent.

Apa Perbedaan Antara Urutan Exome dan RNA?

Exome vs RNA Sequencing
Sekuensing exome adalah sekuensing set ekson lengkap atau kode daerah DNA yang ada dalam suatu organisme.	Sequencing RNA mengacu pada prosedur sequencing asam Ribonukleat (RNA); transkriptom.
Memulai Sampel
DNA genom adalah sampel awal dari sekuensing exome.	RNA adalah sampel awal dari sekuensing RNA.
Komposisi
Ini hanya berisi daerah pengkodean dari total DNA yang dikenal sebagai Exons	Ini mengandung RNA-mRNA / transkriptome.
Pengurutan
Ada dua metode utama pengurutan exome; berbasis solusi dan teknologi berbasis array.	Sequencing RNA dilakukan melalui persiapan pustaka cDNA dengan mengekstraksi RNA total atau RNA terfragmentasi.

Ringkasan - Exome vs RNA Sequencing

Exome adalah set lengkap daerah pengkodean suatu organisme dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida Exome yang dikenal sebagai exome sequencing. Sequencing RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida dari RNA suatu organisme. Ini adalah perbedaan antara sekuensing exome dan RNA.

Unduh Versi PDF Exome vs RNA Sequencing

Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini Perbedaan Antara Urutan Exome dan RNA

Referensi:

1. Wang, Zhong, et al. "RNA-Seq: alat revolusioner untuk transkriptomika." Ulasan alam. Genetika, Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., Januari 2009, Tersedia di sini. Diakses 3 September 2017.
2.Warr, Amanda, dkk. "Exome Sequencing: Perspektif Saat Ini dan Masa Depan." G3: Gen | Genom | Genetika, Genetika Society of America, Agustus 2015, Tersedia di sini. Diakses 3 September 2017.

Gambar milik:

1. "Exome Sequencing Workflow 1a" Oleh Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) melalui Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" Oleh SarahKusala - Pekerjaan sendiri (CC BY 3.0) melalui Commons Wikimedia