Differkinome

Perbedaan Antara Benzonase dan DNase

Sains & Alam
Share

Perbedaan Utama - Benzonase vs DNase
  

Degradasi asam nukleat penting untuk banyak teknik biologi molekuler. Ini banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan untuk menyingkirkan fragmen DNA dan RNA yang tidak diinginkan. Enzim degradasi asam nukleat disebut sebagai Nuklease, dan mereka dapat dari berbagai jenis berdasarkan fungsi yang diperlukan. Nukleasi yang mendegradasi DNA dikenal sebagai DNase sedangkan yang mendegradasi RNA dikenal RNase. Enzim ini sebagian besar digunakan dalam in vitro percobaan di mana di vitro tes molekuler dilakukan untuk mengisolasi DNA murni, RNA atau protein. Benzonase adalah jenis nuklease yang mendegradasi DNA dan RNA sedangkan DNase hanya mendegradasi DNA. Ini adalah perbedaan utama antara Benzonase dan DNase.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Benzonase
3. Apa itu DNase
4. Kesamaan Antara Benzonase dan DNase
5. Perbandingan Berdampingan - Benzonase vs DNase dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Benzonase??

Benzonase adalah endonuklease yang direkayasa secara genetis dari Serratia marcescens. Enzim ini diproduksi di E. coli host dalam skala industri. Benzonase mampu membelah DNA beruntai ganda, DNA linier, DNA sirkular, dan RNA beruntai tunggal. Jadi Benzonase penting secara komersial. Enzim benzonase adalah dimer protein yang memiliki 245 asam amino identik, ~ 30 kDa subunit dengan dua ikatan disulfida esensial. Benzonase membelah asam nukleat pada ujung 5 'dan menghasilkan fragmen dengan 5'end gratis. Benzonase dapat membelah asam nukleat pada urutan apa pun tetapi lebih suka daerah kaya GC.

Benzonase disimpan pada -20 0C. pH optimum untuk aktivitas enzim ditemukan menjadi 8,0 - 9,2. Aplikasi Benzonase termasuk persiapan sampel untuk elektroforesis gel protein 2D di mana Benzonase menghilangkan asam nukleat terikat dan menghilangkan kontaminan asam nukleat dari persiapan protein rekombinan. Ini juga digunakan untuk mengurangi viskositas ekstrak protein dan mencegah penggumpalan sel dalam campuran sel.

Apa itu DNase??

DNase adalah enzim hidrolitik nuklease yang hanya mampu membelah DNA beruntai ganda. Ada dua jenis utama DNases: DNase I dan DNase II. DNase I berpartisipasi dalam membelah DNA untai ganda untuk menghasilkan polinukleotida dengan ujung bebas 5 '. DNase II terlibat dalam pembelahan DNA untai ganda untuk menghasilkan untaian polinukleotida dengan ujung bebas 3 'atau overhang.

DNase I

DNase I berfungsi pada pH optimal antara 7,0 - 8,0. Aktivitas enzim tergantung pada banyak kofaktor ionik yang meliputi, Ca2+, Mg2+ atau Mn2+. Aktivitas Mg2+ dan Mn2+ memutuskan fungsi DNase I. Di hadapan Mg2+, DNase I memotong setiap untai dsDNA secara independen. Ini terjadi secara acak. Sebaliknya, di hadapan Mn2+, Enzim membelah kedua untai DNA di sekitar situs yang sama. Perpecahan ini akan menghasilkan dua jenis fragmen DNA; satu tipe dengan ujung tumpul dan tipe lainnya dengan satu atau dua overhang nukleotida.

Gambar 02: DNase

DNase II

Fungsi DNase II pada pH optimal 4,5-5,0 dan ion logam divalen diperlukan untuk aktivitasnya, mirip dengan DNase I. Mekanisme DNase II diketahui terdiri dari tiga langkah utama.

  1. Beberapa untaian untai tunggal diinduksi dalam tulang punggung DNA.
  2. Nukleotida dan oligonukleotida yang larut dalam asam diproduksi.
  3. Pergeseran hiperkromik non-linear terjadi pada fase terakhir.

Inhibitor utama enzim DNase termasuk chelator logam, logam transisi dan bahan kimia seperti Sodium dodecyl sulfate dan β-mercaptoethanol.

Aplikasi utama DNase termasuk persiapan ekstrak RNA bebas DNA dan ekstrak protein, dan penghapusan DNA templat selama percobaan transkripsi in vitro.

Apa Persamaan Antara Benzonase dan DNase?

  • Keduanya adalah enzim hidrolitik.
  • Keduanya adalah nukleasi.
  • Keduanya berpartisipasi dengan membelah ikatan fosfodiester asam nukleat.
  • Keduanya membutuhkan pH dan suhu penyimpanan yang optimal untuk mempertahankan aktivitas enzim.
  • Inhibitor enzim termasuk agen pengkelat, logam transisi, dan bahan kimia deterjen.
  • Aplikasi terutama difokuskan pada memperoleh ekstrak DNA, RNA, dan protein dengan kemurnian tinggi.
  • Kedua enzim dapat diproduksi melalui rekayasa genetika.

Apa Perbedaan Antara Benzonase dan DNase?

Benzonase vs DNase
Benzonase adalah enzim yang mampu membelah DNA beruntai ganda, DNA linier, DNA sirkular, dan RNA. DNase adalah enzim yang mampu membelah DNA beruntai ganda.
Substrat untuk Enzim
Baik DNA dan RNA adalah substrat untuk benzonase. DNA adalah substrat untuk DNase.
Struktur
Kisaran pH optimal Benzonase adalah 7.0 -8.0 Rentang pH optimal DNase I adalah 7.0 - 8.0 dan DNase II adalah 4.5 - 5.0.

Ringkasan - Benzonase vs DNase

Enzim Nuclease banyak digunakan dalam prosedur eksperimental yang berbeda berkaitan dengan biologi molekuler dan rekayasa genetika. Benzonase dan DNase adalah dua jenis nuklease. Benzonase terlibat dalam degradasi DNA dan RNA sedangkan DNase terlibat dalam pembelahan DNA untai ganda. Ini adalah perbedaan mendasar antara benzonase dan DNase. Saat ini, kedua jenis nuclease ini diproduksi melalui teknologi DNA rekombinan yang menghasilkan enzim berkualitas lebih tinggi yang dioptimalkan untuk produksi maksimum..

Unduh Benzonase vs DNase versi PDF

Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini Perbedaan Antara Benzonase dan DNase

Referensi:

1. "Deoxyribonuclease I dari bovine pankreas D5025." Sigma-Aldrich, Tersedia di sini. Diakses 19 September 2017.
2. "Deoxyribonuclease II." Deoxyribonuclease II - Manual Enzim Worthington, Tersedia di sini. Diakses 19 September 2017.

Gambar milik:

1. "Situs hipersensitif DNAse" Oleh Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, dkk. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, dkk. (2012) Korelasi Antara DNase I Distribusi Situs Hipersensitif dan Ekspresi Gen dalam Sel HeLa S3. PLoS SATU 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) melalui Commons Wikimedia

Sains & Alam
×