Perbedaan Antara AFLP dan RFLP

Perbedaan Utama - AFLP vs RFLP
 

Studi DNA sangat penting dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik dan memetakan genom organisme. Beberapa teknik yang terkait dengan analisis DNA juga digunakan untuk identifikasi gen tertentu atau urutan DNA dalam kumpulan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenal sebagai penanda molekuler. Polimorfisme Panjang Fragmen yang Diperkuat (AFLP) dan Pembatasan Panjang Fragmen Polimorfisme (RFLP) adalah dua penanda molekuler (metode) yang dikembangkan dalam biologi molekuler untuk mendeteksi variasi genetik antar organisme. Kedua metode sama pentingnya dan memiliki kelebihan dan kekurangan. Perbedaan utama antara AFLP dan RFLP adalah itu AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif dari DNA yang dicerna sementara RFLP tidak melibatkan amplifikasi PCR selektif dari fragmen DNA.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu AFLP
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan Berdampingan - AFLP vs RFLP
5. Ringkasan

Apa itu AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) adalah alat penting dalam biologi molekuler dan banyak digunakan dalam analisis variasi genetik. AFLP didasarkan pada amplifikasi PCR spesifik dari DNA genom yang terfragmentasi dan deteksi polimorfisme oleh autoradiograf melalui elektroforesis gel. AFLP berkontribusi secara luas untuk mengidentifikasi perbedaan genetik dalam strain atau spesies terkait erat dari berbagai kerajaan termasuk tanaman, hewan, bakteri dan jamur. AFLP dapat dilakukan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Itu tidak membutuhkan pengetahuan urutan sebelumnya dan merancang probe.

Langkah-langkah AFLP

1. Isolasi DNA
2. Pencernaan DNA dengan restriksi endonuklease
3. Ligasi fragmen DNA terbatas dengan adaptor
4. Amplifikasi selektif fragmen dengan situs pembatasan tertentu
5. Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
6. Visualisasi matriks gel dengan autoradiograf

AFLP adalah metode yang lebih sensitif dan dapat diproduksi ulang yang dapat digunakan dalam profil DNA beberapa taksa termasuk jamur, bakteri, tanaman dan hewan tanpa pengetahuan sebelumnya tentang urutan DNA. Ini membantu dalam mengidentifikasi sedikit perbedaan di antara individu dalam populasi karena sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, studi forensik, pengujian orang tua, genotipe, dll.

Gambar 01: AFLP

Apa itu RFLP??

Restriksi Fragmen Panjang Polimorfisme (RFLPs) adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah metode pertama yang dikembangkan untuk profil DNA. Organisme memiliki sidik jari DNA atau profil DNA yang unik. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisme intraspesifik atau terkait erat karena sekuens homolog memiliki situs restriksi berbeda (lokasi) yang unik untuk organisme tertentu. Ketika DNA homolog dicerna dengan restriksi endonuklease spesifik, itu akan menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk setiap individu. Oleh karena itu, prinsip dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola bercak adalah unik untuk setiap organisme dan mengkarakterisasi genotipe spesifik.

Langkah-langkah RFLP

1. Isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel
2. Fragmentasi sampel DNA dengan restriksi endonuklease menjadi urutan pendek
3. Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
4. Transfer profil gel ke membran dengan Southern blotting

5. Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil

RFLP adalah teknik yang sangat penting dalam mendeteksi warisan penyakit dan menemukan risiko terjadinya penyakit di antara anggota keluarga. RFLP juga sering digunakan dalam pemetaan genom, mengidentifikasi penjahat dalam forensik, pengujian paternitas, dll. RFLP memiliki beberapa keterbatasan juga. RFLP membutuhkan pengetahuan sebelumnya tentang data sekuens untuk merancang probe untuk hibridisasi. Ini juga membutuhkan isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel untuk dianalisis, yang sulit dalam studi forensik.

Gambar 01: Pemetaan RRFLP

Apa perbedaan antara AFLP dan RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif dari DNA yang dicerna.	RFLP tidak melibatkan PCR kecuali PCR-RFLP.
Pengetahuan Sequence
Pengetahuan urutan sebelumnya tidak diperlukan.	Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe RFLP.
Keandalan
Ini lebih bisa diandalkan.	Ini kurang dapat diandalkan dibandingkan dengan AFLP.
Efisiensi dalam Mendeteksi Polimorfisme
Ini memiliki efisiensi yang lebih tinggi dalam mendeteksi polimorfisme daripada RFLP.	Ini kurang efisien dibandingkan dengan AFLP.
Biaya
Ini sedikit mahal dibandingkan dengan RFLP.	Ini lebih murah dibandingkan dengan AFLP.
Aplikasi
AFLP telah diterapkan pada pemetaan genom, sidik jari DNA, studi keragaman genetik, pengujian paternitas dan forensik	Analisis RFLP adalah alat penting dalam pemetaan genom, lokalisasi gen untuk kelainan genetik, penentuan risiko penyakit, dan pengujian paternitas.

Ringkasan - AFLP vs RFLP

AFLP dan RFLP adalah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk evaluasi keanekaragaman dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekuler. AFLP berfungsi sebagai metode yang efisien dan sensitif untuk mendeteksi polimorfisme genetik antara organisme daripada RFLP. Namun, meskipun kedua metode ini memiliki efisiensi berbeda dalam mendeteksi variasi genetik, mereka masih digunakan untuk sidik jari DNA dan diagnosis penyakit..

Referensi:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L., dan Anete P. De Souza. “Perbandingan penanda RAPD, RFLP, AFLP, dan SSR untuk studi keanekaragaman dalam jalur inbrida jagung tropis.” Genetika dan Biologi Molekuler. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 Maret 2017
2. "Polimorfisme Panjang Fragmen Panjang (RFLP)." Pusat Nasional untuk Informasi Bioteknologi. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.N., n.d. Web. 19 Maret 2017
3. Masiga D. K. dan Turner C. M. (2004). "Analisis polimorfisme panjang (AFLP) terfragmentasi (restriksi)". Metode Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 Maret 2017

Gambar milik:
1. "ALFP" Oleh Barbarossa di Wikipedia Belanda - Ditransfer dari nl.wikipedia ke Commons. (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. “Pemetaan RFLP” Oleh Retama - Pekerjaan sendiri (GFDL) melalui Commons Wikimedia