Fat32 dan NTFS dibuat untuk melacak semua file dalam hard disk. Fat (File Allocation System) yang dibuat oleh Bill Gates dan Marc McDonald, adalah yang lebih tua dari keduanya dan telah mengalami banyak perubahan sejak kemunculan pertamanya pada tahun 1977. Angka tersebut menunjukkan jumlah bit yang diperlukan untuk melacak file. Fat16 telah menjadi standar untuk beberapa waktu sampai hard disk dengan kapasitas lebih dari 4GB tiba di pasaran, di mana titik Fat32 dibuat.
Di sisi lain sistem file NTFS lahir dari sistem file HPFS yang digunakan oleh OS / 2, sebuah kolaborasi dari IBM dan microsoft. Ketika kesepakatan tidak dilanjutkan, beberapa fitur dalam HPFS muncul di NTFS ketika muncul untuk platform Windows NT. Sejak itu telah dikembangkan dan muncul di versi Windows yang lebih baru seperti XP, Vista, dan segera akan dirilis Windows 7. Microsoft memegang hak paten untuk NTFS dan dengan demikian tidak membocorkan rincian sehubungan dengan sistem file membuat drive NTFS hanya dapat dibaca oleh sistem Windows untuk waktu yang lama, meskipun sudah ada beberapa implementasi linux yang mampu mengakses drive NTFS tetapi tanpa fitur-fiturnya yang menonjol.
Fat32 adalah sistem yang sangat simpel dan bebas bulu yang juga sangat didokumentasikan. Itu tidak benar-benar melakukan banyak hal selain melacak di mana file berada. Itu sebabnya ia telah menjadi sistem file pilihan untuk sebagian besar media penyimpanan portabel seperti flash drive, pemutar mp3, dan kartu memori.
Sistem file NTFS sangat bertolak belakang, menawarkan beberapa peningkatan yang tidak hanya meningkatkan kinerjanya tetapi juga keamanannya. Salah satunya adalah kompresi file transparan yang secara otomatis mengkompres file ketika sedang ditulis ke disk. Ini berpotensi membebaskan beberapa ruang disk tetapi file dapat membutuhkan waktu untuk dimuat. Yang lain adalah kuota disk tempat administrator sistem dapat menentukan berapa banyak disk yang dapat digunakan pengguna tertentu.
Memilih antara sistem file NTFS dan FAT32 adalah tugas yang relatif mudah. Sederhananya, NTFS adalah pilihan yang lebih baik ketika Anda ingin menggunakannya pada sistem komputer windows. Bukan hanya karena peningkatan kecepatan tetapi juga karena beberapa fiturnya. Namun tidak dianjurkan untuk media portabel karena sebagian besar perangkat dan sistem operasi lain mengalami kesulitan atau sama sekali tidak dapat mengakses drive NTFS.