Ketika mengklasifikasikan organisme eukariotik sebagai tanaman atau protista, penting untuk dicatat bahwa tanaman milik Kingdom Plantae. Protista tidak membentuk kerajaan tunggal karena mereka tidak berevolusi dari nenek moyang yang sama. Bahkan, spektrum spesies yang dikenal sebagai protista sangat bervariasi sehingga beberapa tidak memiliki kesamaan satu sama lain daripada yang mereka lakukan dengan tanaman. [I] Untuk menunjukkan keragaman ini, pertimbangkan fakta bahwa ukuran genom nuklir pada tanaman bervariasi oleh faktor 1000, sementara genom protista berbeda hingga ukuran 300.000 kali lipat. [ii]
Untai DNA nuklear dalam sel tanaman memiliki kompleksitas yang lebih tinggi daripada yang ada di protista. Ini karena kehadiran gen yang memberi sel-sel tumbuhan kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi tipe spesifik sesuai dengan struktur dan fungsinya. Totipotensi menyebabkan pembentukan jaringan khusus, dan dengan demikian tanaman dapat berkembang menjadi organisme yang lebih kompleks daripada protista.
Bahkan, tidak seperti protista, semua tanaman multiseluler. Beberapa protista uniseluler, sementara beberapa hidup dalam koloni sel independen yang berkomunikasi dan bekerja sama tugas-tugas seperti memberi makan dan bergerak. Koloni-koloni ini unik untuk kelompok protista. Protista lain, seperti rumput laut, bersifat multiseluler dan bahkan mencapai ukuran yang relatif besar. [Iii]
Tanaman adalah produsen utama; mereka adalah autotrof yang menghasilkan makanan dari molekul anorganik. Tidak ada tanaman parasit yang bergantung pada tanaman lain untuk nutrisi. Beberapa protista, seperti alga, adalah autotrof yang melakukan proses fotosintesis dengan cara yang sama, menggunakan kloroplas. Namun, protista lain memperoleh nutrisi dalam bentuk molekul organik dan karenanya dikenal sebagai heterotrof atau konsumen.
Sekelompok protista yang dikenal sebagai 'protozoa' termasuk beberapa spesies predator dan parasit, yang memakan bakteri dan protista lainnya. Ada beberapa protista yang diketahui menyebabkan penyakit pada manusia dan hewan. Masih protista lain, seperti jamur lendir, mirip dengan jamur dan bertindak sebagai pengurai.
Tanaman membutuhkan oksigen untuk proses respirasi sel. Di sini protista berbeda. Sementara beberapa protista juga aerob, spesies protista tertentu adalah anaerob fakultatif, yang mampu memecah karbohidrat tanpa kehadiran oksigen. Bahkan ada spesies protista anaerobik yang wajib ditemukan dalam lumpur dan saluran pencernaan hewan. Beberapa jaringan tanaman mungkin memiliki adaptasi aerob fakultatif. [Iv]
Banyak protista memiliki struktur sel khusus yang membantu pergerakan dan memberi makan dan bertindak sebagai organ sensorik. Flagella adalah struktur seperti ekor yang berfungsi untuk mendorong organisme dengan gerakan seperti berenang. Silia lebih pendek, struktur seperti rambut, biasanya ditemukan dalam jumlah besar di luar membran sel. Ekstensi sel, yang dikenal sebagai pseudopodia, memiliki peran sensorik dalam menemukan dan menelan makanan, serta menggerakkan protista..
Tanaman, di sisi lain, adalah bentuk kehidupan yang diam. Pergerakan terbatas pada organ-organ dalam satu individu tanaman, yang dikenal sebagai tropisme. Fototropisme adalah gerakan bagian tanaman ke arah sinar matahari, sedangkan thigmotropisme adalah gerakan sebagai respons terhadap rangsangan fisik, seperti melilit ikatan sulur.
Gymnospermae dan angiospermae masing-masing membentuk spora dan biji untuk memperbanyak generasi tanaman melalui reproduksi seksual. Gamet diangkut melalui penyerbukan. Reproduksi aseksual (vegetatif) juga umum pada tanaman seperti umbi dan umbi. Bawang dan kentang membentuk keturunan baru dengan tunas, dan stroberi mengembangkan akar adventif, yang dikenal sebagai stolon, yang memunculkan tanaman baru. [V] Protista dapat bereproduksi secara seksual dengan meiosis atau secara aseksual dengan pembelahan sel sederhana; tanaman tidak dapat bereproduksi oleh satu divisi mitosis. Sementara beberapa protista seperti jamur menghasilkan spora, tidak ada yang menghasilkan biji.
Karena adaptasi evolusi, tanaman telah menjajah habitat lahan kering di dunia. Charophyta, sebuah filum ganggang hijau, adalah satu-satunya protista yang memproduksi sporopollenin, polimer tahan air. Dinding sporangium, yang melindungi zigot tanaman di dalam sporangia dari pengeringan, mengandung senyawa sporopollenin ini. Jadi Charophyta diyakini sebagai garis keturunan protista dari mana tanaman darat berevolusi. Sebaliknya, protista sangat tergantung pada keberadaan air untuk memastikan kelangsungan hidup spesies-jauh lebih banyak daripada spesies tanaman terestrial.
Protista terbatas pada habitat air. Spesies tanaman dapat berupa akuatik atau terestrial.