Di masa lalu, archaea diklasifikasikan sebagai bakteri dan dipanggil archaebacteria. Tetapi ditemukan bahwa archaea memiliki sejarah evolusi dan biokimia yang berbeda dibandingkan dengan
Sampai pertengahan abad ke-20, ahli biologi mengklasifikasikan semua makhluk hidup sebagai tanaman atau hewan. Tetapi sistem ini gagal mengakomodasi jamur, protista dan bakteri. Jadi pada tahun 1970-an, sistem klasifikasi berkembang menjadi apa yang dikenal sebagai Lima Kerajaan - prokariota (bakteri) dan eukariota (tanaman, hewan, jamur, protista). Eukariota ditandai oleh adanya nuklei, sitoskeleton, dan membran internal dalam sel mereka.
Pada akhir tahun 1970-an, Dr. Carl Woese dan rekan-rekannya di University of Illinois mengidentifikasi sekelompok mikroorganisme yang susunan genetisnya sangat berbeda dari bakteri lain. Jadi mereka membagi kehidupan prokariotik menjadi apa yang mereka sebut archaeabacteria dan Eubacteria. Namun, mereka kemudian menyimpulkan bahwa "archaeabacteria" cukup berbeda sehingga tidak menjadi bakteri sama sekali. Jadi kelompok itu diganti namanya menjadi archaea dan bakteri.
Pohon kehidupan menunjukkan klasifikasi semua organisme hidup.Baik archaea dan eubacteria memiliki bentuk dan ukuran yang serupa. Keduanya ditemukan terjadi dalam bentuk batang, cocci, spiral, piring, atau digulung.
Struktur sel umum archaea dan bakteri adalah sama tetapi komposisi dan organisasi beberapa struktur berbeda di archaea. Mirip dengan bakteri, archaea tidak memiliki membran bagian dalam tetapi keduanya memiliki dinding sel dan menggunakan flagela untuk berenang.
Archaea berbeda dalam kenyataan bahwa dinding sel mereka tidak mengandung peptidoglikan dan membran sel menggunakan eter yang terhubung lipid sebagai lawan dari ester terkait lipid pada bakteri.
Archaea flagella berevolusi dari bakteri pili tipe IV, sedangkan flagela bakteri berevolusi dari sistem sekresi tipe III. Flagel bakteri adalah seperti tangkai yang berongga dan dirakit oleh subunit yang bebas bergerak ke atas pori sentral menambahkan ke ujung flagella sedangkan di archaea flagella subunit ditambahkan ke pangkalan.
Archaea mereproduksi secara aseksual dengan proses pembelahan biner, tunas dan fragmentasi. Eubacteria mereproduksi secara aseksual melalui pembelahan biner, tunas, fragmentasi, tetapi eubacteria memiliki kemampuan unik untuk membentuk spora agar tetap tidak aktif selama bertahun-tahun, suatu sifat yang tidak diperlihatkan oleh Archea. Pertumbuhan bakteri mengikuti dalam tiga fase, fase jeda ketika sel beradaptasi dengan lingkungan baru, fase log menandai pertumbuhan eksponensial dan fase diam ketika nutrisi habis.
Archaea dapat bertahan hidup di lingkungan yang ekstrim dan keras seperti sumber air panas, danau asin, tanah rawa, lautan, usus ruminansia dan manusia. Eubacteria ada dimana-mana dan ditemukan di tanah, mata air panas, air limbah radioaktif, kerak bumi, bahan organik, tubuh tumbuhan dan hewan dll.