Perbedaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment

Itu perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan adalah itu kesamaan adalah kemiripan (kemiripan) antara dua urutan dalam perbandingan sedangkan identitas adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda.

Bioinformatika adalah bidang ilmu interdisipliner yang terutama melibatkan biologi molekuler dan genetika, ilmu komputer, matematika, dan statistik. Penjajaran urutan adalah istilah utama dalam bioinformatika. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein disusun untuk mengidentifikasi daerah-daerah kemiripan yang merupakan konsekuensi dari hubungan fungsional, struktural atau evolusi antara urutan. Pada akhir perataan, mereka akan disajikan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan karakter yang identik dalam kolom berturut-turut, celah yang dimasukkan ada di antara residu.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa Kesamaan dalam Sequence Alignment
3. Apa itu Identity in Sequence Alignment
4. Kesamaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment
5. Perbandingan Berdampingan - Kesamaan vs Identitas dalam Sequence Alignment dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Kesamaan??

Kesamaan dalam keselarasan urutan adalah kemiripan antara dua urutan bila dibandingkan. Fakta ini tergantung pada identitas urutan. Kesamaan menggambarkan sejauh mana residu disejajarkan. Oleh karena itu, urutan yang sama mengandung properti yang serupa. Dalam bioinformatika, kesamaan adalah alat untuk menilai kesamaan antara dua protein.

Gambar 01: Kesamaan dalam Sequence Alignment

Ada dua langkah utama untuk proses perataan urutan. Langkah awalnya adalah pelurusan berpasangan, yang membantu untuk menemukan perataan yang optimal antara dua sekuens (termasuk kesenjangan) menggunakan algoritma seperti BLAST, FastA, dan LALIGN. Algoritma yang cocok menemukan jumlah minimum operasi edit; in-dels dan substitusi untuk menyelaraskan satu urutan ke urutan lainnya. Setelah penyejajaran berpasangan, perlu untuk mendapatkan dua parameter kuantitatif dari setiap perbandingan berpasangan. Mereka adalah identitas dan kesamaan.

Apa itu Identitas??

Identitas dalam penyelarasan urutan adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda. Oleh karena itu, kesenjangan tidak diperhitungkan saat menilai identitas. Pengukuran dianggap berhubungan dengan urutan yang lebih pendek di antara dua urutan. Ini secara signifikan menyiratkan bahwa ia memiliki efek di mana identitas urutan tidak transitif. Jika X = Y dan Y = Z, maka X tidak harus sama dengan Z. Ini disimpulkan dalam hal ukuran jarak identitas.

Gambar 02: Identity in Sequence Alignment

Misalnya, X memiliki urutan AAGGCTT, Y memiliki urutan AAGGC dan Z memiliki urutan AAGGCAT. Identitas antara X dan Y adalah 100% 5 nukleotida identik / min [panjang (X), panjang (Y)]. Identitas antara Y dan Z juga 100%. Tetapi identitas antara X dan Z hanya 85% (6 nukleotida identik / 7).

Apa Persamaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment?

• Kedua kesamaan dan identitas adalah dua istilah yang kami gunakan dalam penyelarasan urutan.
• Juga, mereka merujuk pada kemiripan antara dua urutan.
• Selain itu, kami menyatakannya sebagai nilai persentase.

Apa Perbedaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment?

Kesamaan dalam penyelarasan memberi tahu kemiripan antara dua sekuens ketika dibandingkan sementara identitas dalam kesesuaian sekuens memberitahu jumlah karakter yang cocok persis antara dua sekuens berbeda. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan.

Ringkasan - Kesamaan vs Identitas dalam Sequence Alignment

Penjajaran urutan membantu untuk mengidentifikasi daerah kemiripan dalam DNA, RNA atau protein yang dihasilkan karena hubungan fungsional, struktural atau evolusi antara urutan. Oleh karena itu, kesamaan dan identitas adalah dua istilah kunci dalam konteks penyelarasan urutan. Perbedaan utama antara kedua istilah ini adalah bahwa kesamaan adalah kemiripan antara dua urutan dalam perbandingan sedangkan identitas adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda. Dengan demikian, ini adalah ringkasan perbedaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan.

Referensi:

1. "Identitas dan Kesamaan - Ukuran Kuantitatif." Identitas dan Kesamaan - Ukuran Kuantitatif, Tersedia di sini.
2. "Sequence Alignment." Sequence Alignment - Bioinformatics.Org Wiki, Tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Berbasis filogeni dan bebas keselarasan" Oleh Kolekar Pandurang - Pekerjaan sendiri (CC BY 3.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Output sampel BLAST" Oleh Fdardel - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Commons Wikimedia