Perbedaan Antara RAPD dan RFLP

Perbedaan Utama - RAPD vs RFLP

Penanda genetik digunakan dalam Biologi Molekuler untuk mengidentifikasi variasi genetik antara individu dan spesies. DNA Polymorphic Amplified Acak (RAPD) dan Pembatasan Panjang Fragmen Polimorfisme (RFLP) adalah dua penanda molekuler penting yang secara rutin digunakan di laboratorium. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotida pendek dan sewenang-wenang, dan didasarkan pada amplifikasi acak beberapa lokasi di seluruh templat DNA organisme. RFLP dilakukan dengan restriksi endonuklease khusus, dan didasarkan pada polimorfisme dari fragmen restriksi yang dihasilkan dan hibridisasi. Perbedaan utama antara RAPL dan RFLP adalah itu RAPD adalah jenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya sedangkan RFLP tidak terlibat dalam PCR dan membutuhkan pengetahuan urutan sebelumnya untuk melaksanakan teknik ini.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu RAPD
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan Berdampingan - RAPD vs RFLP
5. Ringkasan

Apa itu RAPD?

RAPD adalah penanda molekuler yang berguna dalam biologi molekuler. Ini adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD dapat didefinisikan sebagai metode yang menghasilkan sekuens DNA polimorfik sebagai hasil amplifikasi acak beberapa lokasi templat DNA target. RAPD menggunakan primer oligonukleotida pendek dengan urutan acak untuk amplifikasi PCR. Primer disintesis secara artifisial tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh karena itu, teknik ini dianggap sebagai teknik yang mudah dan berguna.

Langkah-langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.

Ekstraksi DNA target
Amplifikasi beberapa lokasi DNA target menggunakan primer yang dipilih secara acak
Gel elektroforesis dari produk PCR yang diamplifikasi
Pewarnaan dengan etidium bromida dan identifikasi polimorfisme

Sebagai hasil dari variasi dalam anil primer, fragmen yang berbeda dengan panjang yang berbeda dihasilkan selama amplifikasi. Oleh karena itu, pola pita pada gel berbeda antara individu dan spesies. Dengan demikian, RAPD memungkinkan deteksi variasi genetik di antara organisme dalam identifikasi dan diferensiasi.

RAPD diterapkan dalam berbagai studi biologi molekuler seperti identifikasi perbedaan genetik antara spesies yang terkait erat, pemetaan gen, sidik jari DNA, identifikasi penyakit bawaan, dll..

Gambar 01: RAPD

Apa itu RFLP??

Restriksi Fragmen Panjang Polimorfisme (RFLP) adalah penanda molekuler yang digunakan dalam biologi molekuler untuk identifikasi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah penanda genetik pertama yang dikembangkan untuk sidik jari DNA. Semua organisme menghasilkan profil DNA unik ketika dibatasi dengan enzim restriksi spesifik. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA individu yang unik dan mendeteksi variasi genetik di antara mereka. Ketika sampel DNA dicerna dengan restriksi endonuklease spesifik, itu menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk setiap individu. Oleh karena itu, prinsip dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola bercak adalah unik untuk setiap organisme dan mengkarakterisasi genotipe spesifik.

Langkah-langkah berikut terlibat dengan RFLP.

Isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel
Fragmentasi sampel DNA dengan restriksi endonuklease menjadi urutan pendek
Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
Transfer profil gel ke membran dengan Southern blotting
Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil

RFLP memiliki berbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, identifikasi kriminal dalam studi forensik, pengujian paternitas, dll..

Gambar 02: Genotip RFLP

Apa perbedaan antara RAPD dan RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD adalah penanda molekuler berdasarkan primer acak dan PCR.	RFLP adalah penanda molekuler berdasarkan pada produksi fragmen restriksi panjang yang berbeda.
Sampel yang dibutuhkan
Sampel DNA kecil sudah cukup untuk analisis RAPD.	Diperlukan sejumlah besar sampel DNA yang diekstraksi untuk analisis RFLP.
Waktu
RAPD adalah proses yang cepat.	RFLP adalah proses yang memakan waktu.
Penggunaan Primer
Primer acak digunakan dan primer yang sama dapat digunakan untuk spesies yang berbeda.	Probe spesifik spesies digunakan dalam RFLP untuk hibridisasi.
Keandalan
Keandalan teknik kurang dibandingkan dengan RFLP.	RFLP adalah teknik yang andal.
Mengotori
RAPD melibatkan blotting selatan.	Southern blotting adalah satu langkah RFLP.
Deteksi Variasi Alel
Variasi alel tidak dapat dideteksi oleh RAPD.	Variasi alel dapat dideteksi oleh RFLP.
Need for Sequence Knowledge
RAPD tidak membutuhkan pengetahuan urutan sebelumnya.	Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe.
PCR
PCR terlibat dengan RAPD	PCR tidak terlibat dengan RFLP.
Reproduksibilitas
RAPD memiliki reproduksibilitas yang rendah	RFLP memiliki reproduktifitas tinggi dibandingkan dengan RAPD.

Ringkasan - RAPD vs RFLP

RAPD dan RFLP adalah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekuler. Kedua metode ini mampu mendeteksi variasi genetik di antara organisme. RAPD dilakukan menggunakan primer acak. RFLP dilakukan dengan menggunakan enzim restriksi spesifik. Kedua metode menghasilkan profil DNA yang unik untuk organisme individu. RAPD terlibat dalam beberapa langkah dibandingkan RFLP. Tapi itu menghasilkan hasil yang kurang dapat diandalkan dan direproduksi daripada RFLP. Ini adalah perbedaan utama antara RAPD dan RFLP.

Referensi:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang, dan M. K. Slocum. “Perbandingan penanda genetik RAPD dan RFLP dalam menentukan kesamaan genetik di antara genotipe Brassica oleracea L..” MENANDAI. Genetika teoretis dan terapan. Theoretische und angewandte Genetik. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., Maret 1994. Web. 12 April 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey, dan Antoni Rafalski. “Perbandingan RFLP, RAPD, AFLP

Gambar milik:
1. "Genotip RFLP" Oleh (tidak diketahui) - Institut Kesehatan Nasional (Domain Publik) via Commons Wikimedia

Sains & Alam