Perbedaan Antara QTL dan GWAS

Itu perbedaan utama antara QTL dan GWAS bergantung pada jenis urutan yang digunakan dalam analisis. QTL menggunakan lokus gen keterkaitan untuk menganalisis sifat-sifat fenotipik yang terkait dengan pewarisan poligenik, sedangkan GWAS menggunakan sekuens seluruh genom untuk menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal dari suatu kondisi tertentu..

Peta QTL dan GWAS memainkan peran penting dalam analisis genetik untuk berbagai sifat. Selain itu, mereka penting dalam menganalisis berbagai kondisi penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui. Selain itu, pengurutan memainkan peran kunci dalam kedua teknik. Teknik-teknik ini selanjutnya dapat digabungkan dengan teknik throughput tinggi lainnya untuk meningkatkan akurasi dan presisi.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu QTL 
3. Apa itu GWAS?
4. Kesamaan Antara QTL dan GWAS
5. Perbandingan Berdampingan - QTL vs GWAS dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu QTL?

QTL adalah singkatan dari Lokus Sifat Kuantitatif. Ini adalah wilayah DNA yang terkait dengan sifat fenotipik. Secara umum, QTL menimbulkan efek poligenik. Distribusi QTL bervariasi, dan jumlah QTL menunjukkan tingkat variasi sifat fenotipik tertentu. Selain itu, mereka biasanya mengkodekan untuk mendasari sifat kontinu dan bukan sifat diskrit.

Setelah mengidentifikasi wilayah QTL, penting untuk mengurutkan wilayah QTL tertentu. Selain itu, untuk memudahkan penyelidikan dan penelitian, mengurutkan dan menyimpan data urutan wilayah QTL umum terjadi dengan keterlibatan bioinformatika. Kami menyebutnya teknik pemetaan QTL. Selanjutnya, database dibangun dengan urutan wilayah QTL.

Gambar 01: Pindai QTL

Selain itu, aplikasi dari sekuens QTL bergantung terutama pada alat BLAST, di mana kesamaan urutan dapat ditentukan. Penting untuk menyimpulkan hubungan antar organisme. Selain itu, penting untuk menentukan kompleksitas fenotip poligenik tertentu. Ini juga menentukan evolusi sifat tertentu.

Saat ini, analisis QTL dikombinasikan dengan teknik throughput tinggi lainnya seperti microarray DNA. Ini penting dalam analisis ekspresi fenotip. Saat ini, para ilmuwan tertarik untuk mengembangkan basis data QTL karena daerah QTL bertanggung jawab atas banyak sifat penting dari spesies yang berbeda.

Apa itu GWAS??

GWAS adalah singkatan dari Studi Asosiasi Genome Luas. Ini juga merujuk pada studi asosiasi genom keseluruhan. Studi-studi ini terutama berfokus pada studi observasional. Ini menganalisis varian genetik individu yang berbeda yang biasanya terkait dengan sifat tertentu. Terlebih lagi, keseluruhan genom penting untuk analisis GWAS.

Gambar 02: GWAS

GWAS adalah alat penting dalam analisis polimorfisme nukleotida tunggal yang terkait dengan berbagai kondisi penyakit. Ini juga merupakan studi komparatif dari polimorfisme nukleotida tunggal yang berbeda di seluruh populasi yang luas. Selain itu, sampel studi GWAS sangat tinggi; karenanya, juga mengambil format penelitian kohort cross-sectional.

Selain itu, studi GWAS pertama terjadi berkaitan dengan infark miokard dan menganalisis gen yang terkait dengan infark miokard. Saat ini, GWAS memainkan peran penting dalam menentukan latar belakang genetik penyakit kompleks dengan etiologi yang tidak diketahui.

Apa Persamaan Antara QTL dan GWAS?

• Mereka mengandalkan data sekuens DNA untuk analisis.
• Keduanya terkait dengan latar belakang genetik berbagai karakter.
• Selain itu, mereka membutuhkan alat bioinformatika untuk menyimpulkan dan menafsirkan hasil.
• Mereka dilakukan pada populasi besar.

Apa Perbedaan Antara QTL dan GWAS?

QTL menganalisis sifat-sifat fenotipik yang terkait dengan pewarisan poligenik menggunakan lokus gen yang terhubung sementara GWAS menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal dari suatu kondisi tertentu menggunakan sekuens seluruh genom. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara QTL dan GWAS. Pemetaan QTL relatif teknik yang kurang kompleks daripada GWAS karena membutuhkan pengurutan seluruh genom.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara QTL dan GWAS dalam bentuk tabel.

Ringkasan - QTL vs GWAS

Pemetaan QTL dan GWAS memainkan peran utama dalam menentukan latar belakang genetik berbagai sifat fenotipik. Mereka juga membantu dalam menganalisis latar belakang genetik berbagai penyakit. Pemetaan QTL memetakan gen-gen keterkaitan yang bertanggung jawab atas sifat-sifat berkelanjutan, dan juga melibatkan pemetaan gen-gen warisan poligenik. GWAS, di sisi lain, terjadi dengan seluruh genom menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal. Selain itu, ini terjadi di populasi yang lebih besar. Jadi, ini adalah ringkasan perbedaan antara QTL dan GWAS.

Referensi:

1. Liu, Ruixian, dkk. "Analisis GWAS dan Identifikasi QTL dari Sifat Kualitas Serat dan Komponen Hasil di Kapas Dataran Tinggi menggunakan Penanda SNP Kepadatan Tinggi yang Diperkaya." Perbatasan dalam Ilmu Tanaman, Perbatasan Media S.A., 13 September 2018, Tersedia di sini.
2. “GWAS Vs. Pemetaan Qtl? ” Posting Terbaru, Tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Contoh Pemindaian QTL Genome-wide dari PLoS Biology" Oleh - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, dkk. (2003) Hubungan Osteoporosis dengan Kromosom 20p12 dan Asosiasi dengan BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) melalui Commons Wikimedia
2. "Efek alel Penyakit GWAS" Oleh Bush WS dan Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Bab 11: Studi Asosiasi Genome-Wide. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) melalui Commons Wikimedia