Perbedaan Antara Southern Southern dan Western Blotting

Perbedaan Kunci - Blotting Utara vs Selatan vs Barat
 

Deteksi urutan spesifik DNA, RNA, dan protein sangat penting untuk berbagai jenis studi dalam biologi molekuler. Elektroforesis gel adalah teknik yang memisahkan DNA, RNA, dan protein sesuai ukurannya. Dari profil gel, sekuens DNA tertentu, sekuens RNA, atau protein dideteksi oleh teknik khusus yang disebut blotting dan hibridisasi dengan probe berlabel. Ada tiga jenis metode blotting yaitu selatan, utara dan barat. Perbedaan utama antara blotting selatan dan barat utara terletak pada jenis molekul yang dideteksi dari sampel. Southern blotting adalah metode yang mendeteksi sekuens DNA spesifik dari sampel DNA. Northern blotting adalah teknik yang mendeteksi urutan RNA spesifik dari sampel RNA. Western blotting adalah metode yang mendeteksi protein tertentu dari sampel protein.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Southern Blotting
3. Apa itu Blotting Utara
4. Apa itu Western Blotting
5. Perbandingan Berdampingan - Blotting Utara vs Selatan vs Barat
6. Ringkasan

Apa itu Southern Blotting?

Teknik Southern Blotting dikembangkan oleh E. M. Southern pada tahun 1975 untuk identifikasi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Ini adalah teknik blotting pertama yang diperkenalkan dalam biologi molekuler. Ini memungkinkan deteksi gen spesifik dari DNA, fragmen spesifik dari DNA, dll. Ada beberapa langkah yang terlibat dalam teknik blotting selatan. Mereka adalah sebagai berikut.

1. DNA diisolasi dari sampel dan dicerna dengan restriksi endonuklease.
2. Sampel yang dicerna dipisahkan oleh elektroforesis gel Agarose.
3. Fragmen DNA dalam gel didenaturasi menjadi untaian tunggal dengan menggunakan larutan alkali.
4. DNA untai tunggal ditransfer ke membran filter nitroselulosa oleh transfer kapiler.
5. DNA yang ditransfer melekat ke membran secara permanen.
6. Memperbaiki DNA pada membran digabungkan dengan probe berlabel.
7. DNA yang tidak terikat dicuci dari membran dengan mencuci.
8. Film sinar-X terkena membran dan autoradiograf disiapkan.

Southern blotting diterapkan untuk berbagai aspek biologi molekuler. Ini berguna dalam pemetaan RFLP, studi forensik, metilasi DNA dalam ekspresi gen, deteksi gen yang bermutasi dalam kelainan genetik, sidik jari DNA, dll..

Gambar 01: Teknik Blotting Selatan

Apa itu Blotting Utara?

Northern blotting adalah metode yang dirancang untuk mendeteksi urutan RNA spesifik atau urutan mRNA dari sampel untuk mempelajari ekspresi gen. Teknik ini dikembangkan oleh Alwine, Kemp, dan Stark pada tahun 1979. Ini berbeda dari teknik sourthern dan western blotting karena beberapa langkah. Namun, teknik ini juga dilakukan melalui elektroforesis gel, blotting, dan hibridisasi dengan probe dan deteksi berlabel spesifik. Teknik Northern blotting dilakukan sebagai berikut.

1. RNA diekstraksi dari sampel dan dipisahkan dengan elektroforesis gel.
2. RNA ditransfer dari gel ke membran blotting dan diperbaiki.
3. Membran diperlakukan dengan probe berlabel yang dibuat dari cDNA atau RNA (probe komplementer dengan urutan spesifik dalam sampel).
4. Probe diinkubasi dengan membran untuk mengikat dengan urutan tertentu.
5. Probe yang tidak terikat terhapus.
6. Fragmen hibridisasi dideteksi oleh autoradiograf.

Northern blotting adalah alat penting dalam deteksi dan kuantifikasi mRNA hibridisasi, mempelajari degradasi RNA, evaluasi waktu paruh RNA, deteksi splicing RNA, mempelajari ekspresi gen, dll..

Gambar 02: Blotting Utara

Apa itu Western Blotting?

Western blotting adalah metode untuk mendeteksi protein spesifik dari campuran protein dengan menggunakan antibodi berlabel. Oleh karena itu, western blot juga dikenal sebagai imunoblot. Teknik ini diperkenalkan oleh Towbin et al pada tahun 1979 dan sekarang secara rutin dilakukan di laboratorium untuk analisis protein. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

1. Protein diekstraksi dari sampel
2. Protein dipisahkan oleh ukurannya menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida
3. Molekul yang terpisah dipindahkan ke membran PVDF atau membran nitroselulosa dengan cara elektroporasi
4. Membran diblokir untuk pengikatan spesifik dengan antibodi
5. Protein yang ditransfer terikat dengan antibodi primer (antibodi berlabel enzim).
6. Membran dicuci untuk menghilangkan antibodi primer yang tidak terikat secara spesifik
7. Antibodi terikat terdeteksi dengan menambahkan substrat dan mendeteksi endapan berwarna yang terbentuk

Western blotting berguna dalam mendeteksi antibodi anti-HIV dalam sampel serum manusia. Western blot juga dapat digunakan sebagai tes konfirmasi untuk infeksi Hepatitis B dan tes definitif untuk penyakit sapi gila.

Gambar 03: Western Blotting

Apa perbedaan antara Southern Southern dan Western Blotting?

Northern vs Southern vs Western Blotting
Jenis Molekul Terdeteksi
Blotting Utara	Northern blotting mendeteksi urutan RNA spesifik dari sampel RNA.
Southern Blotting	Southern blotting mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA.
Western Blotting	Western blotting mendeteksi protein tertentu dari sampel protein.
Jenis Gel
Blotting Utara	Ini menggunakan Agarose / formaldehyde gel.
Southern Blotting	Ini menggunakan gel Agarose.
Western Blotting	Ini menggunakan gel Polyacrylamide.
Metode Blotting
Blotting Utara	Ini adalah transfer kapiler.
Southern Blotting	Ini adalah transfer kapiler.
Western Blotting	Ini adalah transfer listrik.
Probe Digunakan
Blotting Utara	Probe cDNA atau RNA berlabel radioaktif atau nonradioaktif.
Southern Blotting	Probe DNA diberi label radioaktif atau non-radioaktif.
Western Blotting	Antibodi primer digunakan sebagai probe.
Sistem Deteksi
Blotting Utara	Ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograf, atau deteksi cahaya atau perubahan warna.
Southern Blotting	Ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograf, deteksi cahaya atau perubahan warna.
Western Blotting	Ini dilakukan menggunakan deteksi perubahan cahaya atau warna.

Ringkasan - Blotting Utara vs Selatan vs Barat

Blotting adalah teknik khusus yang dikembangkan untuk mengidentifikasi DNA, RNA atau protein spesifik dari sampel. Ada tiga prosedur blotting terpisah, yaitu utara, selatan dan barat, untuk mendeteksi jenis molekul tertentu. Teknik blotting utara dirancang untuk mendeteksi urutan RNA spesifik dari campuran RNA. Teknik Southern Blotting memungkinkan deteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA dan teknik western blotting dikembangkan untuk mengidentifikasi protein spesifik dari campuran protein..

Referensi
1. Gibbons, Janay. "Western Blot: Tinjauan Transfer Protein." Jurnal Ilmu Kedokteran Amerika Utara. Medknow Publikasi & Media Pvt Ltd, Maret 2014. Web. 27 Maret 2017
2. Brown, T. "Southern blotting." Protokol terkini dalam imunologi. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., Mei 2001. Web. 27 Maret 2017
3. Dia, Shan L. "Noda utara." Metode dalam enzim. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., 2013. Web. 27 Maret 2017

Gambar milik:
1. "Skema Blot Utara" Oleh RNA405 - Karya sendiri (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. "Western blot 114A" Oleh Amanthabagdon - Karya sendiri (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia