Perbedaan Antara Terjemahan Nick dan Ekstensi Primer

Perbedaan Utama - Terjemahan Nick vs. Ekstensi Primer
 

Terjemahan Nick dan ekstensi primer adalah dua teknik penting yang dilakukan dalam biologi molekuler. Perbedaan utama antara terjemahan nick dan ekstensi primer adalah itu Proses penerjemahan nick menghasilkan probe berlabel untuk teknik hibridisasi lainnya sementara Metode ekstensi primer mengidentifikasi urutan RNA spesifik dari campuran dan mengungkapkan informasi tentang ekspresi mRNA. Kedua teknik memiliki kepentingan besar dan secara rutin dilakukan di laboratorium penelitian molekuler.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Terjemahan Nick
3. Apa itu Perpanjangan Primer
4. Perbandingan Berdampingan - Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
5. Ringkasan

Apa itu Terjemahan Nick?

Terjemahan Nick adalah teknik penting yang digunakan untuk menyiapkan probe berlabel untuk berbagai teknik biologi molekuler seperti blotting, di situ hibridisasi, fluoresen di situ hibridisasi dll. Ini adalah in vitro metode pelabelan DNA. Probe DNA digunakan untuk mengidentifikasi urutan DNA atau RNA tertentu. Dengan bantuan probe berlabel, fragmen spesifik dapat ditandai atau divisualisasikan dari campuran kompleks asam nukleat. Oleh karena itu, probe berlabel disiapkan menggunakan berbagai teknik untuk digunakan untuk teknik yang berbeda. Terjemahan Nick adalah salah satu metode yang menghasilkan probe berlabel dengan bantuan enzim DNase 1 dan DNA polimerase 1.

Proses penerjemahan nick dimulai dengan aktivitas enzim DNase 1. DNase 1 memperkenalkan torehan pada tulang punggung fosfat dari DNA untai ganda dengan membelah ikatan fosfodiester antara nukleotida. Setelah nick dibuat, gugus nukleotida OH 3 bebas akan dihasilkan dan enzim DNA polimerase 1 akan bertindak di atasnya. Aktivitas 5 'sampai 3' eksonuklease DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida dari nick menuju arah 3 'dari untai DNA. Bersamaan dengan itu, aktivitas polimerase enzim DNA polimerase 1 bekerja dan menambahkan nukleotida untuk menggantikan nukleotida yang dihilangkan. Jika nukleotida diberi label, penggantian akan terjadi oleh nukleotida berlabel dan itu akan menandai DNA untuk identifikasi. DNA berlabel yang baru disintesis ini dapat digunakan sebagai probe dalam berbagai reaksi hibridisasi dalam Biologi Molekuler.

Gambar 01: Proses terjemahan Nick

Apa itu Ekstensi Primer?

Ekstensi primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan urutan RNA spesifik dari campuran RNA dan menemukan ujung 5 'dari transkrip mRNA. Ini juga digunakan untuk mempelajari struktur RNA dan ekspresi. Metode ekstensi primer dilakukan dengan primer berlabel atau dengan nukleotida berlabel. Jika primer berlabel digunakan, tidak termasuk kebutuhan pelabelan nukleotida yang digunakan untuk sintesis cDNA. Ada beberapa langkah dalam teknik ini. Dimulai dengan ekstraksi RNA dari sampel. Kemudian primer oligonukleotida berlabel ditambahkan ke campuran bersama dengan bahan-bahan yang diperlukan untuk mensintesis cDNA dari urutan RNA tertentu. Anil primer dengan urutan komplementer dari campuran. Menggunakan urutan anil primer sebagai templat, enzim reverse transcriptase mensintesis DNA komplementer (cDNA) dari urutan RNA. Anil primer dan transkripsi balik hanya terjadi ketika sekuens RNA spesifik ada dalam sampel. Akhirnya, ketika elektroforesis gel denaturasi dilakukan, ukuran urutan RNA dapat ditentukan. Juga mudah untuk menemukan basis +1 dari urutan mRNA (situs inisiasi transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat dikuantifikasi dengan metode ini jika kelebihan primer digunakan.

Gambar 02: Ekstensi primer

Apa perbedaan antara Nick Translation dan Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
Terjemahan Nick adalah proses yang menciptakan probe DNA berlabel untuk berbagai reaksi hibridisasi.	Ekstensi primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan RNA spesifik atau untuk mempelajari ekspresi gen.
Enzim Digunakan
Enzim DNase 1 dan DNA polimerase digunakan.	Enzim transkriptase terbalik digunakan.
Pentingnya
Terjemahan Nick memfasilitasi penandaan urutan DNA spesifik.	Ekstensi primer memungkinkan deteksi ukuran urutan mRNA tertentu dan jumlah yang ada dalam sampel.

Ringkasan - Nick Translation vs Primer Extension

Terjemahan Nick adalah metode yang digunakan untuk mensintesis probe berlabel berdasarkan aktivitas DNase 1 dan E coli Enzim DNA polimerase 1. Ini adalah sebuah in vitro metode yang digunakan di laboratorium sebelum teknik hibridisasi yang berbeda. Selama terjemahan nick, aktivitas eksonuklease 5'-3 'dari DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida di depan nick dan aktivitas polimerase dari DNA polimerase 1 menggantikan nukleotida yang dihapus dengan nukleotida berlabel di belakang nick. Ekstensi primer adalah metode yang digunakan untuk mendeteksi transkrip RNA spesifik dari campuran dan mengukur ukuran dan jumlah RNA yang diinginkan. Ini adalah perbedaan antara terjemahan nick dan ekstensi primer.

Referensi
1. Reid, Alex. "Terjemahan Nick." Peloncat. N.p., n.d. Web. 18 April 2017
2. "Perpanjangan Primer." Diagnostik Nasional. N.p., n.d. Web. 19 April 2017
3. Kuo, M. T., dan W. Plunkett. "Nick-translation dari kromosom metafase: pelabelan in vitro dari daerah nuclease-hipersensitif dalam kromosom." Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat. Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., Februari 1985. Web. 19 April 2017
4. Raymond et al. “Uji PCR ekstensi primer kuantitatif sederhana untuk pemantauan langsung microRNA dan RNA interferensi pendek.” RNA. Hak Cipta 2005 oleh RNA Society, November 2005. Web. 19 April 2017

Gambar milik:
1. “Primer Extension Assay” Oleh Jjnmmnjj - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia