Perbedaan Antara Metagenomik dan Metatranscriptomik

Itu perbedaan utama antara metagenomik dan metatranscriptomik bergantung pada jenis biomolekul yang dipelajari di masing-masing daerah. Metagenomics mempelajari DNA, sekuensnya dan perilakunya dalam organisme, sementara metatranscriptomik mempelajari DNA yang ditranskripsi, terutama sekuens mRNA dan perilakunya pada organisme.

Metagenomics dan metatranscriptomics adalah dua bidang yang telah mendapatkan banyak popularitas selama bertahun-tahun dalam kaitannya dengan komunitas mikroba. Mereka penting dalam perawatan kesehatan, industri dan bioteknologi pertanian. Baik metagenomik dan metatranskriptomik memungkinkan studi organisme individu dalam suatu komunitas dan peran fungsionalnya yang menguntungkan atau berbahaya..

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Metagenomics 
3. Apa itu Metatranscriptomik
4. Kesamaan Antara Metagenomik dan Metatranscriptomik
5. Perbandingan Berdampingan - Metagenomik vs Metatranscriptomik dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Metagenomics??

Metagenomik adalah bidang studi yang mengeksplorasi asam Deoksiribonukleat (DNA). Ini paling relevan dengan komunitas mikroba. Juga, ini adalah bidang yang lebih maju dibandingkan dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisme tertentu terjadi. Namun, metagenomik melibatkan analisis materi genetik di seluruh komunitas organisme. Dengan demikian, ini memungkinkan mempelajari perilaku komunitas organisme yang berkaitan dengan satu kondisi atau satu lingkungan.

Gambar 01: Metagenomics

Teknik utama yang terlibat dalam studi metagenomics adalah Next Generation Sequencing (NGS) yang menggunakan teknologi micro-array. Metode NGS dapat menganalisis beberapa organisme dalam satu reaksi untuk ada atau tidak adanya urutan DNA tertentu. Urutan DNA ini mungkin bertanggung jawab untuk kondisi penyakit tunggal atau kondisi lingkungan. Oleh karena itu, menggunakan pengetahuan metagenomik, penyaringan organisme dapat dilakukan dengan mudah dan akurat. Pengurutan selama NGS berlangsung dalam pembacaan singkat dan profiling DNA organisme berlangsung. Urutan DNA 16-an adalah urutan populer yang dipelajari dalam metagenomics mengenai mikroorganisme.

Mengikuti pengurutan komunitas organisme, penyelarasan urutan harus dilakukan. Alat-alat seperti alat Sequence Alignment Lokal Dasar (BLAST) digunakan untuk memenuhi tugas penyelarasan. Setelah penyelarasan, pohon filogenetik memberikan hubungan masing-masing organisme dalam komunitas dan perincian perilakunya.

Apa itu Metatranscriptomik?

Metatranscriptomik adalah bidang studi yang berkaitan dengan transkriptom suatu organisme. Transkriptom merupakan seluruh urutan RNA yang ditranskripsi selama transkripsi DNA. Urutan mRNA yang ada dalam transkriptom memberikan informasi tentang ekspresi genetik. Metatranscriptomik adalah analisis beberapa transkriptom lintas populasi atau komunitas.

Gambar 02: Analisis Transkriptome

Studi metatranscriptomik juga menggunakan teknologi microarray untuk menemukan urutan dari urutan baca singkat. Selain itu, metatranscriptomik juga melibatkan analisis bioinformatika menyeluruh menggunakan alat pelurusan dan metode perancangan pohon. Namun, bidang metatranscriptomik jauh lebih sulit dibandingkan dengan metagenomik. Ekstraksi mRNA atau RNA secara keseluruhan tidak semudah kelihatannya. Karena RNA sangat rentan terhadap kerusakan dan memiliki waktu hidup yang sangat singkat, pemeliharaan dan penyimpanan ini bisa menjadi kemungkinan permintaan.

Apa Persamaan Antara Metagenomik dan Metatranscriptomik?

• Metagenomik dan metatranscriptomik adalah teknik throughput yang tinggi untuk menganalisis komunitas organisme, terutama komunitas mikroba.
• Kedua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan temuan.
• Hasil yang diperoleh sering dianalisis menggunakan BLAST alignment dan pohon filogenetik.
• Selain itu, kedua teknik tidak berfokus pada satu organisme, tetapi kelompok atau organisme komunitas.
• Selain itu, kedua konsep ini juga dipelajari terutama dalam kaitannya dengan mikroba - alasan utamanya adalah peran mereka yang beragam.

Apa Perbedaan Antara Metagenomik dan Metatranscriptomik?

Metagenomics dan Metatranscriptomics melibatkan analisis materi genetik dalam komunitas organisme. Dengan demikian, metagenomik menyangkut pola dan urutan DNA sedangkan metatranscriptomik merujuk pada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsi. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara metagenomik dan metatranscriptomik.

Selain itu, prosedur ekstraksi berbeda dalam kedua teknik; metagenomik melibatkan prosedur ekstraksi DNA dan metatranscriptomik melibatkan prosedur ekstraksi RNA. Oleh karena itu, ini juga merupakan perbedaan yang signifikan antara metagenomik dan metatranscriptomik.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara metagenomik dan metatranscriptomik:

Ringkasan - Metagenomics vs Metatranscriptomics

Metagenomik dan metatranscriptomik adalah bidang studi baru yang menganalisis komunitas organisme untuk kondisi tertentu. Jadi, metagenomik mengacu pada analisis sekuens DNA. Sebaliknya, metatranscriptomik mengacu pada analisis sekuens RNA atau produk DNA yang ditranskripsi. Dalam hal ini, metatranscriptomik memungkinkan identifikasi ekspresi gen untuk kasus tertentu. Keduanya penting dalam menganalisis mutasi dan pengaruhnya. Ini adalah teknik yang cepat dan lebih dapat diandalkan yang digunakan dalam diagnosis di muka. Dengan demikian, ini adalah ringkasan perbedaan antara metagenomik dan metatranscriptomik.

Referensi:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, et al. "Metagenomik, Metatranskriptomik, dan Pendekatan Metabolomik untuk Analisis Mikrobioma." Bioinformatika Evolusi Online, LibertasAcademica, 12 Mei 2016, Tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "pcbi.1002808.g001" Oleh Phylogeny Figures (CC BY 2.0) via Flickr
2. "Transcriptome fig 3" Oleh Danny556 (bicara) - buatan sendiri (C BY-SA 3.0) via Flickr