Perbedaan Antara BLAST dan FastA

Itu perbedaan utama antara BLAST dan FastA adalah itu BLAST adalah alat pelurusan dasar yang tersedia di situs web Pusat Informasi Bioteknologi Nasional sementara FastA adalah alat pencarian kesamaan yang tersedia di situs web European Bioinformatics Institute.

BLAST dan FastA adalah dua perangkat lunak yang banyak digunakan untuk membandingkan sekuens biologis DNA, asam amino, protein, dan nukleotida dari spesies yang berbeda dan mencari kesamaannya. Algoritma ini ditulis dengan mengingat kecepatan. Karena, ketika para ilmuwan mampu mengisolasi DNA di laboratorium pada pertengahan 1980-an, itu meningkatkan kebutuhan untuk membandingkan dan menemukan gen identik untuk penelitian lebih lanjut dengan kecepatan tinggi. Oleh karena itu, dua perangkat lunak ini dikembangkan sedemikian rupa sehingga pengguna dapat melakukan pencarian cepat dari urutan yang sama dengan urutan permintaan mereka.

BLAST adalah akronim untuk Alat Pencarian Alignment Lokal Dasar dan menggunakan pendekatan lokal dalam membandingkan dua urutan. FastA adalah perangkat lunak yang mengacu pada Fast A di mana A adalah singkatan dari All. Di sini, perangkat lunak bekerja dengan huruf seperti Fast A untuk pengurutan DNA dan Fast P untuk protein. Baik BLAST maupun FastA sangat cepat dalam membandingkan basis data genom apa pun dan, karenanya, sangat layak secara moneter maupun dalam menghemat waktu..

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu BLAST
3. Apa itu FastA
4. Kesamaan Antara BLAST dan FastA
5. Perbandingan Berdampingan - BLAST vs FastA dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan

Apa itu BLAST??

BLAST adalah salah satu perangkat lunak bioinformatika yang paling banyak digunakan yang dikembangkan pada tahun 1990. Sejak itu, ia tersedia untuk semua orang di situs NCBI. Selain itu, siapa pun dapat mengakses perangkat lunak ini dan menggunakannya. Selain itu, BLAST adalah perangkat lunak yang membutuhkan input data atau urutan dalam format FastA. Tapi, itu memberikan data output dalam teks biasa, HTML, atau format XML. BLAST bekerja pada prinsip mencari kesamaan yang terlokalisasi antara dua urutan dan daftar pendek urutan yang sama, dan setelah itu, ia mencari kesamaan lingkungan.

Gambar 01: Hasil BLAST

Dengan demikian, perangkat lunak ini mencari sejumlah besar daerah lokal yang serupa dan memberikan hasil untuk mencapai nilai ambang batas. Namun, proses ini berbeda dari perangkat lunak sebelumnya, yang mencari seluruh urutan pertama dan kemudian melakukan perbandingan, dan karenanya, membutuhkan banyak waktu.

Terlepas dari pengecekan kesamaan di atas, BLAST memiliki banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen identik dalam spesies yang berbeda, membuat pohon filogenetik, dll..

Apa itu FastA??

FastA adalah perangkat lunak pelurusan urutan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menggambarkan perangkat lunak ini pada tahun 1985. Meskipun penggunaan awal perangkat lunak ini hanya untuk membandingkan urutan protein saja, versi modifikasi itu mampu membandingkan urutan DNA juga. Di sini, perangkat lunak ini menggunakan prinsip menemukan kesamaan antara dua urutan secara statistik. Ini cocok dengan satu urutan DNA atau protein dengan urutan lain dengan metode penyelarasan urutan lokal.

Gambar 02: FastA

Namun, ia mencari kesamaan untuk daerah, tetapi bukan yang paling cocok di antara dua urutan. Karena perangkat lunak ini membandingkan kemiripan yang dilokalkan pada suatu waktu, maka dapat muncul ketidakcocokan juga. Secara berurutan, FastA mengambil bagian kecil yang dikenal sebagai k-tupel, di mana tupel dapat dari 1 hingga 6 dan cocok dengan k-tupel dari urutan lainnya. Pada akhir proses pencocokan, ketika mencapai nilai ambang, itu menghasilkan hasilnya.

Apa Persamaan Antara BLAST dan FastA?

• BLAST dan FastA adalah alat bioinformatika yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk kesamaan.
• Juga, kedua program menggunakan strategi penilaian untuk membuat perbandingan antara urutan.
• Selanjutnya, kedua alat menghasilkan hasil yang sangat akurat.

Apa Perbedaan Antara BLAST dan FastA?

BLAST adalah alat untuk memeriksa kesamaan antara sekuens biologis. Di sisi lain, FastA adalah program lain yang memfasilitasi pengecekan kesamaan urutan protein dan DNA. Namun, dibandingkan dengan FastA, perangkat lunak BLAST sangat populer karena menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan antara BLAST dan FastA. Lebih jauh, tidak seperti FastA, program BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan lain antara BLAST dan FastA.

Infografis di bawah ini tentang perbedaan antara BLAST dan FastA memberikan rincian lebih lanjut.

Ringkasan - BLAST vs FastA

BLAST dan FastA adalah dua program yang memungkinkan pengguna untuk membandingkan urutan kueri dengan urutan dalam database yang ada dan memeriksa kesamaan. Tujuan awal FastA adalah untuk membandingkan hanya urutan protein. Namun, versi modifikasi dari perangkat lunak ini memfasilitasi perbandingan urutan protein dan DNA. Meskipun FastA adalah perangkat lunak yang baik, kebanyakan orang menggunakan alat penyelarasan BLAST karena lebih populer dan menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat daripada FastA. Selain itu, alat BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Secara singkat, ini merangkum perbedaan antara BLAST dan FastA.

Referensi:

1. Nyonya, Thomas. "Alat Analisis Urutan BLAST." Laporan Neurologi dan Ilmu Saraf Saat Ini., Perpustakaan Kedokteran Nasional A.S., 15 Maret 2013. Tersedia di sini 

Gambar milik:

1. "Hasil CCDC132 Ledakan" Oleh NCBI Blast - NCBI Blast, (Domain Publik) via Commons Wikimedia  
2. "Wilayah Promotor FAM149A (format FASTA)" Oleh LarsonGCD - Pekerjaan sendiri, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia