Cyanobacteria dinamai setelah kata 'cyan' yang berarti warna 'turquoise blue'. Oleh karena itu, mereka juga disebut sebagai ganggang hijau biru. Cyanobacteria adalah organisme prokariotik sedangkan ganggang hijau adalah organisme eukariotik. Cyanobacteria dapat berfotosintesis yang berarti mereka memiliki kemampuan untuk menghasilkan makanan sendiri dengan menggunakan sinar matahari. Cyanobacteria dibandingkan dengan ganggang hijau berpotensi berbahaya bagi lingkungan ekologis organisme akuatik. Ini karena, mereka mengeluarkan racun tertentu yang berbahaya bagi tanaman lain, serangga, siput dll. Mereka juga beracun bagi ganggang lain yang memakan mikroorganisme yang disebut zooplankton dan ikan. Ganggang hijau di sisi lain menyediakan sumber makanan bagi zooplankton untuk tumbuh dan berkembang.
Alga adalah organisme bersel tunggal yang kecil sedangkan cyanobacteria adalah organisme multiseluler dan berukuran lebih besar. Alga menjadi eukariota, memiliki nukleus, mitokondria, dan kloroplas dalam setiap sel. Mereka juga memiliki mata yang dengannya mereka mendeteksi dan mengidentifikasi sumber cahaya dan menangkap cahaya untuk menghasilkan energi. Proses ini disebut sebagai fotosintesis. Cyanobacteria tidak memiliki nukleus dan mitokondria. Mereka melakukan fotosintesis dengan menggunakan air sebagai sumber elektron dan membuat oksigen.
Ganggang hijau ditemukan di danau, lautan, dan badan air tawar. Beberapa bahkan tumbuh di tanah dan hidup di batang pohon. Populasi keseluruhan ganggang hijau diperkirakan lebih dari 500 genera dan 8500 spesies. Cyanobacteria ditemukan hampir di mana-mana, termasuk habitat air seperti danau, kolam, hingga daerah terestrial seperti pasir, batu gundul, dan tanah lembab. Mereka tumbuh subur di suhu yang sangat tinggi, setinggi 60 derajat Celcius dan perairan dangkal. Total spesies cyanobacteria meliputi 150 genera dan sekitar 2500 spesies di seluruh dunia.
Ganggang hijau dapat bereproduksi secara seksual, maupun aseksual. Cyanobacteria bereproduksi secara aseksual dengan proses pembelahan biner, fragmentasi atau produksi spora. Mereka tidak memiliki flagela dan karenanya tidak memiliki mobilitas.
Ganggang hijau memiliki nilai nutrisi yang mirip dengan sebagian besar tanaman hijau. Mereka kaya akan vitamin dan mineral. Mereka secara medis telah terbukti sebagai suplemen makanan yang diperlukan. Mereka juga memiliki kandungan asam lemak kaya yang tinggi. Mereka baru-baru ini terbukti bermanfaat sebagai bahan bakar biologis; Namun, mereka belum mulai digunakan secara komersial karena ketersediaan dan kelayakan ekonomi mereka.
Cyanobacterias bersifat toksik dan terapeutik tergantung pada sub spesies. Mereka dapat menghasilkan neurotoksin atau sitotoksin tertentu. Ini dapat menyebabkan potensi bahaya bagi sumber daya manusia, air dan hewan. Cyanobacteria menghasilkan sejumlah besar racun selama musim panas karena suhu danau atau kolam meningkat dan ini mendukung perkembangan maksimum bakteri ini. Cyanobacteria tertentu seperti spirulina bermanfaat dan bertindak sebagai sumber protein, asam amino, vitamin dan antioksidan. Mereka juga memegang nilai tinggi dalam terapi anti virus terutama pada herpes dan HIV.
Baik ganggang hijau dan cyanobacteria telah berevolusi dari ganggang. Berdasarkan strukturnya, mereka dibedakan menjadi prokariosit (cyanobacteria) dan eukariosit (ganggang hijau). Alga hijau adalah simbiotik yang berarti mereka dapat menghasilkan lumut simbiotik (hidup dalam harmoni) dengan jamur. Mereka adalah sumber makanan bagi mikroorganisme air sedangkan cyanobacteria terbukti dapat membantu atau berbahaya berdasarkan sub-spesies. Cyanobacteria adalah bakteri hijau biru dan tidak dapat melakukan fotosintesis seperti yang dilakukan ganggang hijau.